结论：小区不允许电动自行车进入车库是否合法，需结合具体情况判断，包括小区管理规约、当地政策以及车库设计用途等因素。以下从不同角度为您详细分析：

1. 小区管理规约的合法性

• 法律依据：根据《民法典》第二百八十六条，业主大会或业主委员会有权制定管理规约，对小区公共区域的使用进行规范。若管理规约明确禁止电动自行车进入车库，且该规约经合法程序通过（如业主大会表决通过），则对全体业主具有约束力。
• 例外情形：若管理规约的制定程序违法（如未召开业主大会、未达到法定表决比例等），或规约内容侵犯业主合法权益（如限制业主基本通行权），则可能被认定为无效。

2. 车库设计用途的限制

• 设计用途：若车库的设计用途仅为机动车停放（如规划为“机动车库”），且未预留电动自行车停放区域，小区可能以“安全风险”或“规划不符”为由禁止电动自行车进入。
• 合理性审查：即使车库设计用途为机动车库，小区也需提供合理的替代方案（如地面专用停放区）。若完全禁止且未提供替代方案，可能涉嫌侵犯业主使用权。

3. 地方政策或消防要求

• 消防法规：根据《消防法》及地方消防条例，电动自行车停放需符合消防安全要求（如禁止在疏散通道、安全出口停放）。若车库存在消防隐患（如空间狭小、通风不良），小区可能依据消防部门要求禁止电动自行车进入。
• 地方政策：部分城市（如北京、上海）出台专项规定，要求电动自行车集中停放并充电，小区可能据此调整管理措施。

4. 您的权利与救济途径

• 协商解决：建议首先与物业沟通，要求其出示禁止电动自行车进入的合法依据（如管理规约、消防文件等），并协商解决方案（如划定专用区域）。
• 投诉举报：若物业无法提供合法依据，可向当地房管部门或消防部门投诉，要求其介入调查。
• 法律途径：若协商、投诉无果，可向法院提起诉讼，主张物业行为侵犯业主使用权，要求停止侵害并赔偿损失。

5. 实践中的常见情形

• 合法情形：小区管理规约明确禁止且程序合法，或车库设计用途确为机动车库且无消防隐患。
• 违法情形：管理规约制定程序违法，或小区完全禁止且未提供替代方案，或以“消防”为由但未实际存在隐患。

建议：您可先要求物业出示书面禁止通知及依据，若无法提供或依据不充分，可进一步通过投诉或诉讼维护权益。如有具体文件或细节需要分析，可直接向我咨询。