在经营场所查获限制使用农药，但当事人不承认的情况下，可以按照以下步骤处理：

1. 固定证据链

   • 现场勘验记录：确保执法人员已对查获现场进行详细记录，包括农药的种类、数量、存放位置、包装标识等信息，并附现场照片或视频。
   • 抽样送检：对查获的农药进行抽样，送至具有资质的检测机构进行成分鉴定，确认是否属于限制使用农药。
   • 证人证言：收集现场目击者或知情人的证言，证明农药的存在及当事人的使用或存放行为。
   • 进货记录：检查当事人的进货台账、发票或合同，确认是否从合法渠道购入该农药，以及购入时间、数量等信息。

2. 调查当事人

   • 询问笔录：对当事人进行详细询问，记录其陈述和辩解，重点询问农药的来源、用途、存放情况等。
   • 权利告知：在询问过程中，应告知当事人其享有的陈述、申辩权利，以及不配合调查可能面临的法律后果。
   • 注意态度：询问时应保持客观、中立，避免引导性提问，确保当事人的陈述真实、自愿。

3. 分析不承认的原因

   • 法律意识淡薄：当事人可能不了解限制使用农药的相关规定，认为不承认即可逃避处罚。
   • 存在侥幸心理：当事人可能认为证据不足，试图通过否认来逃避法律责任。
   • 确实不知情：在极少数情况下，当事人可能确实不知情，如农药被他人存放或误购。

4. 采取进一步措施

   • 补充调查：根据当事人的陈述和辩解，进一步调查相关证据，如调取监控录像、查询物流信息等。
   • 行政处罚告知：在证据充分的情况下，向当事人送达《行政处罚事先告知书》，告知其拟作出的行政处罚内容、事实、理由及依据，并告知其享有陈述、申辩和要求听证的权利。
   • 听证程序：如果当事人要求听证，应依法组织听证，听取当事人的陈述和申辩，并作出最终决定。

5. 法律适用与处罚

   • 法律适用：根据《农药管理条例》等相关法律法规，对当事人使用或存放限制使用农药的行为进行定性。
   • 处罚决定：根据违法行为的性质、情节和社会危害程度，依法作出相应的行政处罚决定，如没收违法所得、罚款、吊销农药经营许可证等。

6. 后续监督与执行

   • 监督执行：确保行政处罚决定得到有效执行，如当事人拒不履行，可依法申请人民法院强制执行。
   • 后续监管：加强对当事人经营场所的后续监管，防止类似违法行为再次发生。

建议：在整个处理过程中，应确保程序合法、证据充分、定性准确、处罚适当。如果当事人仍然不承认且证据存在争议，可以考虑通过法律途径解决，如提起行政诉讼等。同时，也可以向当事人普及相关法律法规知识，提高其法律意识，避免类似情况再次发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。