结论：休息期间生病请假是否扣工资，需根据具体情况判断，主要取决于请假类型（病假或事假）、公司规章制度以及相关法律法规的规定。以下从不同角度详细分析：

1. 病假与事假的区别

• 病假：员工因患病或非因工负伤需要停止工作医疗时，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业应给予一定的医疗期，并在医疗期内支付病假工资或疾病救济费。病假工资通常不低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因地区而异。
• 事假：员工因个人原因需要请假时，企业有权根据规章制度决定是否批准，并可能扣除相应工资。事假通常无薪，但具体扣除比例需符合公司规定及法律法规要求。

2. 公司规章制度的影响

• 合法合规的规章制度：若公司规章制度明确规定了病假和事假的工资支付标准，且该制度符合法律法规要求（如病假工资不低于最低工资标准的80%），则员工需遵守该制度。
• 违法违规的规章制度：若公司规章制度违反法律法规（如规定病假无薪或扣除比例过高），则该制度无效，员工有权要求公司按照法律法规支付工资。

3. 法律法规的具体规定

• 病假工资支付：根据《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。
• 事假工资扣除：法律法规未直接规定事假工资的扣除比例，但要求公司规章制度需合法合规，且不得侵犯员工合法权益。因此，公司扣除事假工资时，需确保扣除比例合理，并符合公司规章制度及劳动合同约定。

4. 实际操作建议

• 员工角度：
  1. 提前了解公司规章制度中关于病假和事假的规定。
  2. 生病时及时就医，并保留相关医疗证明，以便申请病假。
  3. 若公司无故扣除工资或违反法律法规，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司角度：
  1. 制定合法合规的规章制度，明确病假和事假的工资支付标准。
  2. 在员工请假时，及时审核并告知工资支付情况。
  3. 尊重员工合法权益，避免无故扣除工资或侵犯员工权益。

示例：假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若该员工因病请假一个月，根据法律法规，公司应支付其病假工资不低于1600元（2000元×80％）。若该员工因个人原因请假一个月，且公司规章制度规定事假无薪，则公司可扣除其全部工资；但若公司规章制度规定事假扣除比例为50％，则公司应支付其2500元工资。

进一步思考：若员工对公司的工资扣除行为有异议，应首先与公司协商解决；协商无果的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自身合法权益。如有具体法律问题，可直接向我咨询。