结论：使用自己制作的电子章与别的公司签订协议，在法律上是不被认可的，且可能带来一系列法律风险和后果。
法律背景与解释：
公章的法律效力：
- 公章是公司对外进行法律行为的重要标识，具有法律效力。在签订合同、出具文件等场合，加盖公章代表公司对文件内容的认可和承诺。
- 根据相关法律法规，公司公章的刻制、使用和管理都有严格的规定。未经合法程序刻制的公章，或者私自制作的电子章，都不具备法律效力。
电子章的法律地位：
- 电子章作为数字化时代的产物，其法律效力取决于是否满足法律规定的条件。合法的电子章应当通过合法的电子认证服务机构进行认证，并确保其真实性和不可篡改性。
- 私自制作的电子章，由于无法证明其真实性和合法性，因此在法律上不被认可。
使用私自制作电子章的法律后果：
- 合同效力问题：使用私自制作的电子章签订的合同，可能因公章不合法而被认定为无效合同。这将导致合同双方的权利义务无法得到法律保障，可能引发纠纷和损失。
- 法律责任：私自制作并使用电子章的行为，可能构成伪造公司印章等违法行为。根据情节轻重，可能面临行政处罚或刑事责任。
- 信誉损失：使用私自制作的电子章进行商业活动，会损害公司的信誉和形象，影响公司的长期发展。
法律建议：
- 合法刻制公章：如果公司需要刻制公章，应当按照相关法律法规的规定，到公安机关指定的刻章单位进行刻制，并办理备案手续。
- 使用合法电子章：如果公司需要使用电子章，应当选择合法的电子认证服务机构进行认证，并确保电子章的真实性和不可篡改性。
- 加强内部管理：公司应当加强对公章和电子章的管理，明确使用权限和审批流程，防止公章和电子章被滥用或盗用。
后续行动建议：
- 如果您已经使用了私自制作的电子章签订了协议，建议您立即与对方公司沟通，说明情况并协商解决方案。如果可能的话，可以重新签订合法有效的合同。
- 如果您担心因此引发的法律风险，可以向我咨询具体的法律意见和应对策略。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律服务和支持。