经济补偿金的计算标准是按照应发工资来进行的，而非实发工资。这一规定是基于全面、真实地反映劳动者的劳动报酬水平以及用人单位的实际劳动力成本的考虑，旨在确保劳动者在解除或终止劳动合同时能够获得公平合理的补偿。
首先，我们来明确一下应发工资和实发工资的区别：
应发工资：这是员工根据工作性质和合同约定应获得的工资总额，它涵盖了基本工资、岗位工资、绩效工资、奖金、津贴等所有收入形式，是员工劳动所得的完整报酬。
实发工资：这是员工实际到手的工资金额，它在应发工资的基础上扣除了个人所得税、社保公积金个人缴纳部分等费用，因此通常低于应发工资。
接下来，我们详细解释一下经济补偿金的计算依据：
工作年限：经济补偿金依据劳动者在本单位的工作年限来确定。每满一年，用人单位需要支付一个月工资作为补偿；工作满六个月但不满一年的，按一年计算；工作不满六个月的，则支付半个月工资的经济补偿。
月工资标准：这里的月工资指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。根据《劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，此月工资应按照劳动者应得工资（即应发工资）来计算，包括计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。如果该平均工资低于当地最低工资标准，则按最低工资标准计算。如果劳动者工作不满十二个月，则按实际工作月数计算平均工资。
特殊情况处理：对于月工资高于所在地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，经济补偿金按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
此外，还有一些不计入经济补偿金基数的收入，如劳动保护费用（工作服、解毒剂、清凉饮料费用等）和未列入工资总额的各种劳动报酬及其他劳动收入（如创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖等奖励，以及稿费、讲课费、翻译费等）。
综上所述，经济补偿金的计算是以应发工资为基数的，这样做能够更准确地体现劳动者的劳动报酬水平和用人单位的劳动力成本，从而更好地保护劳动者的合法权益。在实际操作中，用人单位和劳动者都应明确这一点，以确保经济补偿金的正确计算和支付。