经济补偿的工资标准是以应发工资为准，而非实际发放工资。以下是对这一问题的详细解释：

一、法律依据与解释

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且应按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。应发工资是劳动者在正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的全部工资报酬，它包括了各种津贴、补贴、奖金等，是劳动者劳动所得的完整体现。而实际发放工资可能因各种原因（如社保扣除、个税扣除等）与应发工资存在差异。

二、实际发放工资与应发工资的差异

1. 社保与个税扣除：在实际发放工资中，用人单位通常会根据国家规定扣除劳动者的社会保险费和个人所得税等费用。这些扣除并不影响劳动者应得的工资总额，但在实际发放时会有所体现。
2. 其他扣除项：除了社保和个税外，用人单位还可能根据规章制度扣除其他费用，如迟到早退罚款、损坏公司财物赔偿等。这些扣除同样不影响劳动者应得的工资总额。

三、经济补偿计算中的注意事项

1. 计算周期：经济补偿的计算周期是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这意味着，如果劳动者在这十二个月内有工资变动（如加薪、降薪等），应按照整个周期的平均工资来计算经济补偿。
2. 特殊情况处理：如果劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算经济补偿。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
3. 高收入者限制：对于月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这是对高收入者经济补偿的一种限制，以平衡用人单位与劳动者之间的利益。

四、举例说明

假设某劳动者在劳动合同解除前十二个月的应发工资总额为120,000元（即月平均工资为10,000元），但实际发放工资因社保、个税等扣除后为90,000元。在计算经济补偿时，应以应发工资10,000元为基准，而非实际发放工资。如果该劳动者在本单位工作了5年，则其应获得的经济补偿为5个月工资，即50,000元。

总结与建议：在计算经济补偿时，务必以应发工资为准，并确保计算周期的正确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。