结论：股东会决议超过30天提交变更申请，登记部门审核本身并不直接构成违规办理，但需结合具体情况判断其是否违反了相关法律法规或公司章程的规定，以及是否影响了其他股东或相关方的合法权益。
分析说明：
法律法规层面：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关登记管理条例，公司变更登记通常需要在股东会决议作出后的一定期限内（如30日，但具体期限可能因地区或具体事项而异）向登记机关申请变更登记。然而，这些规定并未明确规定超过该期限提交变更申请即构成违规或登记部门必须拒绝办理。
- 登记部门在审核变更申请时，主要关注的是申请材料的真实性、合法性和完整性，以及是否符合法律法规和公司章程的规定。如果股东会决议本身合法有效，且其他申请材料也符合要求，即使超过了通常的提交期限，登记部门仍有可能予以办理。
公司章程层面：
- 公司章程可能对股东会决议的提交变更申请期限有具体规定。如果公司章程明确规定了超过一定期限提交变更申请将视为无效或需承担某种责任，那么股东会决议超过该期限提交变更申请可能构成对公司章程的违反。
- 在这种情况下，登记部门在审核时可能会考虑公司章程的规定，并据此作出判断。但即便如此，登记部门通常也不会直接因超过期限而拒绝办理，而是可能要求公司先解决内部争议或提供其他证明材料。
实际操作层面：
- 在实际操作中，登记部门可能会根据具体情况灵活处理。如果股东会决议超过期限提交变更申请是由于不可抗力或其他合理原因造成的，且公司能够提供充分的证明材料，登记部门可能会予以理解并办理变更登记。
- 另一方面，如果股东会决议超过期限提交变更申请且没有合理理由，或者已经对其他股东或相关方的合法权益造成了影响，登记部门可能会更加谨慎地处理，甚至要求公司先解决相关争议或提供其他保障措施。
法律建议：
- 及时提交变更申请：为了避免不必要的麻烦和风险，公司应在股东会决议作出后尽快提交变更申请，确保在法律法规或公司章程规定的期限内完成变更登记。
- 完善内部管理：公司应完善内部管理机制，确保股东会决议的作出和提交变更申请等流程符合法律法规和公司章程的规定，避免出现违规操作或内部争议。
- 积极沟通协商：如果因特殊原因确实无法按时提交变更申请，公司应积极与登记部门沟通协商，说明情况并提供证明材料，争取登记部门的理解和支持。
后续行动：
- 如果公司因股东会决议超过期限提交变更申请而遇到问题或争议，建议及时咨询专业律师，了解具体法律责任和解决方案。
- 公司也可以主动与登记部门沟通，了解其具体要求和审核标准，以便更好地准备申请材料并顺利完成变更登记。