在三人合伙公司的股东投资协议中，通常应写明的是现在出资额，而非仅注册资金的投资额。以下是对这一问题的详细分析：

一、注册资金与现在出资额的区别

1. 注册资金：这是公司在工商注册时登记的资本额，它代表了公司设立时的初始资本规模，但并不一定反映公司实际运营中的资金状况。注册资金可能因公司增资、减资等行为而发生变化，且其数额往往受到公司法等相关法律法规的限制。

2. 现在出资额：这是指股东实际投入到公司中的资金或资产价值，它直接反映了股东对公司的实际贡献和权益。现在出资额可能包括货币出资、实物出资、知识产权出资等多种形式，且其数额可能因股东的实际出资情况而有所不同。

二、股东投资协议中应写明现在出资额的原因

1. 反映实际权益：股东投资协议是股东之间约定各自权利和义务的重要文件。写明现在出资额可以更准确地反映各股东对公司的实际贡献和权益，避免因注册资金与实际出资不符而产生的纠纷。

2. 便于公司管理：明确各股东的现在出资额有助于公司进行财务管理和决策。公司可以根据各股东的出资比例来分配利润、承担风险等，确保公司运营的公平性和透明度。

3. 符合法律法规要求：虽然公司法等法律法规对注册资金有明确规定，但并未限制股东投资协议中必须写明注册资金。相反，写明现在出资额更符合公司实际运营的需要，也更容易得到法律的支持和保护。

三、实际操作中的建议

1. 详细列明出资方式：在股东投资协议中，除了写明现在出资额外，还应详细列明各股东的出资方式（如货币、实物、知识产权等）和出资时间，以确保协议的完整性和可执行性。

2. 考虑增资和减资情况：由于公司运营过程中可能发生增资或减资行为，因此在股东投资协议中可以约定相关条款，明确增资或减资时各股东的权益变化和处理方式。

3. 咨询专业律师：虽然股东投资协议的起草和签订看似简单，但实际上涉及诸多法律问题和风险。因此，在签订协议前，建议咨询专业律师，以确保协议的合法性和有效性。

总结来说，在三人合伙公司的股东投资协议中，写明现在出资额是更为合理和实用的做法。它不仅能准确反映各股东对公司的实际贡献和权益，还能便于公司管理和符合法律法规要求。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。