在行政诉讼确认行政机关违法买卖国有土地后，赔偿的计算需结合具体损失情况、法律规定及司法实践综合判定，核心赔偿范围通常包括直接损失和合理预期利益损失，具体计算方式需分情况讨论：
1. 直接损失的赔偿计算
直接损失指因行政违法直接导致的财产减少或支出，通常包括：
- 土地出让金损失：若行政机关违法低价出让土地，赔偿金额可能为“市场合理价格与违法出让价格的差额”。例如，土地市场评估价为1000万元，违法出让价为500万元，则差额500万元可能被认定为直接损失。
- 交易成本损失：如为购买土地支付的税费、中介费、评估费等合理支出，若因行政违法导致交易无效或撤销，这些费用可主张赔偿。
- 土地占有期间的损失：若土地被违法收回或占用，可主张占有期间的合理使用收益损失（如租金损失），但需以实际占有或合理预期为前提。
法律依据：
《国家赔偿法》第36条第（六）项规定，吊销许可证和执照、责令停产停业的，赔偿停产停业期间必要的经常性费用开支；对财产权造成其他损害的，按照直接损失给予赔偿。司法实践中，直接损失的认定以“实际发生且必要”为原则。
2. 合理预期利益损失的赔偿计算
若行政违法导致相对人丧失可预期的合法利益，可能部分支持赔偿，但需严格限定条件：
- 开发利益损失：如相对人已取得土地使用权并投入前期开发（如平整土地、设计规划），但因行政违法被撤销许可，可主张已投入成本的合理回报，但通常不支持预期利润（因商业风险不可归责于行政机关）。
- 合同履行利益损失：若相对人与第三方签订土地转让或合作合同，因行政违法导致合同无法履行，可主张因违约产生的实际损失（如已支付的定金、违约金），但需以合同合法有效且损失实际发生为前提。
司法实践限制：
预期利益赔偿需满足“确定性、合法性、直接关联性”三要件。例如，在“某房地产公司诉国土局违法收回土地案”中，法院仅支持了已投入的开发成本，未支持预期销售利润。
3. 赔偿计算的特殊规则
- 利息赔偿：若行政机关违法占用相对人资金（如土地出让金），可主张自资金占用之日起的同期银行贷款利息。
- 惩罚性赔偿排除：国家赔偿以“填补损失”为原则，不适用惩罚性赔偿，但若行政机关存在恶意或重大过失，可能通过其他方式（如行政处分、刑事追责）追究责任。
- 举证责任分配：相对人需初步证明损失存在及与行政违法的因果关系，行政机关若主张损失扩大或不存在，需承担反证责任。
4. 赔偿程序的注意事项
- 先行确认违法：需通过行政诉讼或行政复议确认行政行为违法，这是赔偿请求的前提。
- 赔偿义务机关：通常为作出违法行政行为的机关，若涉及多个机关，可共同赔偿或按过错比例分担。
- 赔偿请求时效：自知道或应当知道行政违法之日起2年内提出，逾期可能丧失请求权。
建议行动：
- 收集证据：包括土地交易合同、付款凭证、行政违法决定书、损失计算依据（如评估报告）等；
- 咨询专业评估机构：对土地市场价值、开发成本等关键数据出具专业意见；
- 及时启动赔偿程序：在确认违法后，可与行政机关协商赔偿，协商不成可向法院提起行政赔偿诉讼。
若涉及复杂情况（如土地权属争议、多级行政机关参与），建议进一步提供细节，以便针对性分析。