结论前置：在判决书中，若当事人的证据不合法，法院应当明确阐述证据不合法的理由，这是判决书内容完整性和公正性的要求。
详细分析：
判决书的内容要求：
- 判决书是法院对案件审理结果的正式表述，它必须全面、客观地反映案件的事实、证据和法律适用情况。
- 证据是认定案件事实的基础，因此，证据的合法性、真实性和关联性是法院审查的重点。
证据不合法的处理：
- 当法院认为当事人的证据不合法时，这通常意味着该证据不符合法律规定的证据形式、收集程序或存在其他违法情形。
- 在这种情况下，法院不仅应当排除该证据，还应当在判决书中明确说明排除的理由，即证据为何不合法。
判决书中的理由阐述：
- 阐述证据不合法的理由，有助于增强判决书的透明度和说服力，使当事人和社会公众能够理解法院的裁判依据。
- 同时，这也是对当事人诉讼权利的尊重和保护，确保当事人能够知悉其证据被排除的具体原因，从而有机会在后续程序中提出异议或上诉。
法律后果与程序公正：
- 如果判决书未明确阐述证据不合法的理由，可能导致当事人对判决结果产生质疑，甚至引发上诉或再审等后续程序。
- 明确阐述理由有助于维护程序的公正性和效率，减少不必要的争议和诉讼成本。
具体建议：
- 在撰写判决书时，法院应当仔细审查每一份证据，确保其符合法律规定的证据要求。
- 对于不合法的证据，法院应当在判决书中明确说明排除的理由，包括证据的形式、收集程序、真实性或关联性等方面的问题。
- 同时，法院也可以考虑在判决书中对合法证据的采纳和认定进行简要说明，以进一步增强判决书的透明度和说服力。
特殊情况说明：
- 如果案件涉及复杂或敏感的证据问题，法院可能需要更加详细地阐述证据不合法的理由，甚至可能需要引用相关的法律法规或司法解释来支持其裁判。
- 在某些情况下，如果证据不合法的理由涉及当事人的隐私或商业秘密等敏感信息，法院可以在阐述理由时采取适当的保护措施，如匿名处理或部分省略等。
总结：在判决书中明确阐述当事人证据不合法的理由，是法院维护程序公正、保障当事人诉讼权利的重要体现。如果你在司法行政或办案流程方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。