在三人合伙公司的投资协议中，通常应明确写明的是各合伙人的实际出资额，而非仅仅是注册资金的投资额。以下是对这一问题的详细分析：
一、注册资金与实际出资额的区别
注册资金：这是公司在工商注册时登记的资本额，它代表了公司设立时的初始资本规模，但并不一定反映公司实际运营中的资金状况。注册资金可以分期缴纳，且在公司运营过程中可能会因增资、减资等行为而发生变化。
实际出资额：这是指各合伙人实际投入到公司中的资金或资产价值。它直接反映了各合伙人对公司的实际贡献和承担的风险，是确定合伙人权益比例、分配利润和承担亏损的重要依据。
二、为何应写明实际出资额
明确权益比例：在合伙协议中明确各合伙人的实际出资额，可以清晰地确定各合伙人在公司中的权益比例，避免后续因权益分配问题产生纠纷。
保障公司运营：实际出资额是公司运营和发展的基础。明确各合伙人的出资义务和出资时间，可以确保公司有足够的资金进行运营和扩张。
风险共担：在合伙企业中，合伙人通常需要共同承担公司的风险和亏损。明确实际出资额，可以确保各合伙人在承担风险时按照其出资比例进行，体现公平原则。
三、实际操作建议
详细记录出资情况：在合伙协议中，应详细记录各合伙人的出资方式（如现金、实物、知识产权等）、出资额、出资时间以及出资的验证方式等。
考虑出资的灵活性：由于公司运营过程中可能会遇到各种不确定因素，合伙协议中可以约定一定的出资调整机制，如增资、减资的条件和程序等。
明确违约责任：对于未按照约定出资的合伙人，合伙协议中应明确其违约责任和赔偿方式，以维护公司的合法权益和合伙关系的稳定。
四、法律后果
如果合伙协议中未明确实际出资额，或者出资条款存在模糊不清的情况，可能会导致以下法律后果：
权益分配纠纷：各合伙人可能因权益分配问题产生争议，甚至引发诉讼。
公司运营受阻：由于资金不足或出资不到位，公司可能无法正常运营或进行扩张。
法律责任承担：未按照约定出资的合伙人可能需要承担违约责任，甚至可能面临法律制裁。
综上所述，在三人合伙公司的投资协议中，应明确写明各合伙人的实际出资额，以确保合伙关系的稳定和公司运营的顺利进行。如果你在拟定或审查合伙协议过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。