当工厂出现问题时，处理的方式需要依据问题的具体性质来决定，但我可以根据您提供的参考信息，就工厂在生态环境保护和安全生产方面可能遇到的问题，给出一些概括性的处理建议：

一、生态环境保护方面的问题处理

1. 污染物排放问题：

   • 如果工厂涉及污染物排放，首先应确保作业场所采取封闭或密闭措施，并配备污染物收集处理系统，如设立排气筒、通风口等。
   • 若因特殊原因无法封闭或密闭，应采取替代措施，如使用清洁原料、进行废气局部收集处理等，以减少污染物排放。
   • 执法人员不得简单要求企业“关窗”停止生产，而应根据实际情况指导企业采取合理措施。

2. 环保设施运行问题：

   • 确保环保设施正常运行，定期维护和检修，避免因设施故障导致污染物超标排放。
   • 如遇环保设施升级改造需求，应提前规划并报相关部门审批，确保改造过程符合环保要求。

二、安全生产方面的问题处理

1. 作业场所安全：

   • 对于封闭或密闭的作业场所，应安装安全监测设备，实时监测危险物质浓度。
   • 当排放的危险物质超出安全阈值时，应立即采取通风措施，如启动风机联锁系统，确保作业场所安全。
   • 执法人员不得简单要求企业“开窗”通风，而应根据实际情况指导企业采取科学合理的通风措施。

2. 安全管理制度执行：

   • 建立健全安全管理制度，明确各级管理人员和员工的安全职责。
   • 定期开展安全培训和演练，提高员工的安全意识和应急处理能力。
   • 对发现的安全隐患应及时整改，并记录整改情况，以备查验。

三、联合执法与协同治理

1. 配合联合执法：

   • 当生态环境部门和应急管理部门开展联合执法时，工厂应积极配合，提供必要的资料和协助。
   • 对执法人员提出的问题和建议，应认真对待并及时整改。

2. 寻求协同指导：

   • 如遇环保和安全方面的难题，可主动向当地生态环境部门和应急管理部门寻求协同指导。
   • 相关部门应提供技术支持和咨询服务，帮助企业破解两难困境，实现环保和安全的双赢。

四、持续改进与自我提升

1. 定期自查自纠：

   • 工厂应定期开展自查自纠工作，及时发现并整改存在的问题。
   • 对自查中发现的问题，应建立整改台账，明确整改责任人和整改时限。

2. 关注政策动态：

   • 密切关注国家和地方关于生态环境保护和安全生产的政策动态，及时调整企业的生产和管理策略。
   • 积极参与相关培训和交流活动，提升企业的环保和安全管理水平。

综上所述，工厂在处理问题时，应综合考虑生态环境保护和安全生产的要求，采取科学合理的措施，确保企业的可持续发展。同时，积极配合政府部门的执法和监管工作，共同维护良好的生产环境和社会秩序。