货代公司收取代理国外海运费本身是合法的，但具体是否需要缴纳相关税费以及合规性需根据具体情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、合法性基础
货代公司作为货运代理，其核心业务之一就是为客户（包括国内外客户）提供货运代理服务，这自然包括代理收取海运费。只要货代公司具备相应的资质，且按照相关法律法规和行业规范进行操作，其收取代理国外海运费的行为就是合法的。
二、税务处理
增值税方面：
- 如果海运费的运输服务起运地和目的地均在境外，那么该服务不属于在境内销售服务，因此不征收增值税。例如，货物从美国某港口运输到英国某港口，货代公司作为代收方无需代扣代缴增值税。
- 如果运输服务涉及中国境内起运地或目的地（如从中国港口起运至境外或从境外运至中国港口），则外国企业提供的海运费服务属于在境内销售服务。此时，货代公司作为扣缴义务人，需按规定代扣代缴增值税，税率为9%（一般情况下的运输服务税率）。计算公式为：应扣缴税额 = 购买方支付的价款 ÷（1 + 税率）× 税率。
企业所得税方面：
- 如果外国企业在中国境内设立了机构、场所，且海运费收入与该机构、场所有实际联系，则该企业应就其来源于中国境内、境外的所得自行申报缴纳企业所得税，货代公司无需代扣代缴。
- 如果外国企业在中国境内未设立机构、场所，或虽设立但取得的所得与机构、场所无实际联系，则其来源于中国境内的所得需缴纳企业所得税。对于涉及中国境内港口的海运费收入，货代公司需代扣代缴企业所得税，预提所得税税率一般为10%。若外国企业所在国家（地区）与中国签订了税收协定，可能适用更低的税率。
三、合规性建议
- 资质审查：货代公司在开展业务前，应确保自身具备相应的货运代理资质，并遵守相关法律法规和行业规范。
- 合同审查：货代公司应仔细审查与外国企业之间的协议条款，明确双方在税务方面的权利和义务，确保协议内容符合相关法律法规的规定。
- 税务申报与缴纳：货代公司应按照相关法律法规的要求，及时、准确地申报和缴纳应代扣代缴的税费，避免税务风险。
- 外汇管理：在将资金汇出境外时，货代公司还需遵守中国的外汇管理规定，包括申报、审批等程序。
四、法律后果
如果货代公司未按照相关法律法规的要求进行操作，可能会面临税务处罚、行政处罚甚至刑事责任等法律后果。因此，货代公司在收取代理国外海运费时，务必确保合规操作。
总结来说，货代公司收取代理国外海运费本身是合法的，但具体是否需要缴纳相关税费以及合规性需根据运输服务的具体情况、外国企业在中国的纳税身份以及双方协议安排等因素来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。