结论前置：公司存在未收回的合同款但想注销，需要先处理这些债权问题，否则可能会面临法律风险和损失。以下是具体分析和建议：
一、法律背景与风险分析
公司注销的法律程序：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司注销前需要进行清算，清算组应当清理公司财产、编制资产负债表和财产清单，并处理与清算有关的公司未了结的业务。
- 在清算过程中，如果发现公司存在未收回的债权，清算组应当负责追讨，以确保公司财产的完整性和公平分配给债权人。
未收回合同款的风险：
- 如果公司在注销前未处理未收回的合同款，这些债权可能会因公司注销而消灭，导致公司无法再追讨，从而造成经济损失。
- 同时，如果公司在注销过程中隐瞒或未妥善处理这些债权，可能会面临法律责任，如被债权人起诉要求赔偿等。
二、法律建议与操作步骤
成立清算组并清理债权：
- 公司应首先成立清算组，负责清理公司财产和债权债务。
- 清算组应详细梳理公司未收回的合同款，包括合同内容、欠款金额、欠款方信息等。
追讨未收回的合同款：
- 清算组应积极与欠款方沟通，要求其履行还款义务。
- 如果欠款方拒绝还款或无法联系，清算组可以考虑通过法律途径追讨，如提起诉讼或申请仲裁等。
处理无法追回的债权：
- 如果经过努力仍无法追回部分或全部债权，清算组应在清算报告中如实说明情况，并按照法律规定进行处理。
- 根据《公司法》及相关规定，无法追回的债权可能作为清算损失进行核销，但需确保清算程序的合法性和透明度。
完成注销程序：
- 在处理完所有债权债务后，清算组应编制清算报告，并报经股东会、股东大会或者人民法院确认。
- 随后，清算组应向公司登记机关申请注销公司登记，并公告公司终止。
三、特殊情况与注意事项
如果公司已经进入注销程序但尚未完成：
- 如果公司已经开始了注销程序但尚未完成，且发现存在未收回的合同款，应立即暂停注销程序，先处理债权问题。
- 否则，一旦注销完成，公司将失去追讨债权的法律主体资格，导致无法挽回的损失。
如果欠款方是关联方或存在特殊关系：
- 如果欠款方是公司的关联方或存在其他特殊关系，清算组在处理债权时应更加谨慎和公正，避免利益冲突和不当行为。
- 必要时，可以聘请独立的第三方机构进行审计或评估，以确保债权处理的合法性和合理性。
四、后续行动与建议
- 在处理完未收回的合同款后，公司应确保所有清算程序都符合法律规定，并保留好相关证据和文件。
- 如果公司在注销过程中遇到任何法律问题或困难，建议及时咨询专业律师或法律机构，以获取专业的法律支持和帮助。
总结：公司存在未收回的合同款但想注销是一个复杂的问题，需要公司先处理债权问题再完成注销程序。如果处理不当，可能会面临法律风险和损失。因此，建议公司在注销前务必咨询专业律师或法律机构，以确保注销程序的合法性和顺利进行。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。