结论：因疫情中止执行的行政处罚，超过三年时间后是否可以申请不再执行，需结合具体情况判断，若原处罚决定未被撤销或变更，且不存在法定不再执行情形，原则上仍需执行；但若符合法定条件，可依法申请不再执行。以下从不同角度详细分析：
一、行政处罚的执行时效与中止
执行时效：根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关规定，行政处罚决定作出后，当事人应在法定期限内履行。若当事人未履行，行政机关可依法采取强制执行措施。但法律并未明确规定行政处罚的“执行时效”期限（即超过多长时间后不得再执行），这与民事诉讼中的“诉讼时效”不同。
中止执行：在执行过程中，若因法定事由（如疫情等不可抗力）导致执行程序暂时无法继续，行政机关可决定中止执行。中止执行后，待中止事由消失，执行程序应恢复继续。
二、超过三年时间是否可申请不再执行
法定不再执行情形：
- 处罚决定被撤销或变更：若原行政处罚决定因违法或不当被撤销、变更，则原处罚决定不再具有法律效力，自然无需执行。
- 当事人死亡或无承担能力：若当事人死亡且无遗产可供执行，或丧失承担行政责任的能力（如严重精神疾病），可依法不再执行。
- 其他法定情形：如法律、法规明确规定的其他不再执行情形（如超过一定期限后自动失效等，但需具体法律条文支持）。
疫情中止执行后的恢复与例外：
- 恢复执行：疫情作为不可抗力导致执行中止的，中止事由消失后，行政机关应恢复执行。此时，即使已超过三年，只要原处罚决定有效且无法定不再执行情形，仍需执行。
- 申请不再执行的例外：若当事人能证明因疫情导致长期无法执行，且继续执行将显失公平或违反立法目的（如处罚目的已实现、当事人已改正违法行为等），可尝试向行政机关申请不再执行。但此情形需具体分析，无统一标准。
三、实务建议
- 核查原处罚决定：首先确认原行政处罚决定是否仍有效（未被撤销或变更）。
- 评估法定不再执行情形：对照法律条文，评估是否存在法定不再执行情形（如当事人死亡、无承担能力等）。
- 与行政机关沟通：若认为存在合理理由不再执行，可主动与作出处罚决定的行政机关沟通，提交书面申请及证据材料。
- 寻求法律救济：若行政机关拒绝不再执行，且当事人认为该决定违法或不当，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
总结：因疫情中止执行的行政处罚，超过三年时间后是否可申请不再执行，需结合原处罚决定的有效性、法定不再执行情形及具体案情判断。建议当事人先核查原处罚决定状态，再评估是否存在法定不再执行情形，必要时与行政机关沟通或寻求法律救济。如有进一步疑问，可直接向我咨询。