结论：房东扣租客1000元是否合法，需结合具体情况判断，主要看该金额是否合理反映了房东的实际损失，以及双方租赁合同中的相关约定。
分析如下：
合同约定优先：
- 首先，应查看租赁合同中是否有关于租客丢失钥匙或私自配钥匙的违约责任条款。如果合同中有明确约定，比如租客丢失钥匙需赔偿一定金额或承担换锁费用，那么房东按照合同约定扣款是合法的。
- 若合同中没有明确约定，则需要依据法律规定和公平原则来判断。
实际损失原则：
- 房东扣款的金额应当与其实际损失相当。如果房东因为租客丢失钥匙而需要更换门锁，那么房东可以要求租客承担换锁的费用。这个费用应当是合理的，包括新锁的成本和安装费用等。
- 如果房东扣款的金额（如1000元）明显高于其实际损失（比如换锁费用仅为几百元），那么这种扣款可能被视为不合理，租客有权提出异议。
租客行为性质：
- 租客私自配钥匙的行为可能构成对房东财产权的侵犯，尤其是如果租客未经房东同意就配钥匙，这可能违反了租赁合同中的忠诚义务或诚实信用原则。
- 然而，即使租客行为不当，房东扣款的金额也应当合理，不能随意夸大损失或设定过高的违约金。
法律救济途径：
- 如果租客认为房东的扣款不合理，可以尝试与房东协商解决。
- 如果协商无果，租客可以向当地的房屋租赁管理部门投诉或寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。
建议：
- 对于房东而言，在租赁合同中明确约定租客丢失钥匙或私自配钥匙的违约责任，以及赔偿方式和金额，可以避免后续纠纷。
- 对于租客而言，应遵守租赁合同中的约定，妥善保管钥匙，避免丢失或私自配钥匙。如果确实发生了丢失或需要配钥匙的情况，应及时与房东沟通并承担相应责任。
示例：
假设房东因为租客丢失钥匙而更换了门锁，新锁的成本为300元，安装费用为100元，那么房东可以合理要求租客承担400元的费用。如果房东扣款1000元，而实际损失仅为400元，那么这种扣款可能被视为不合理。
总之，房东扣租客1000元是否合法，需根据具体情况和合同约定来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。