在判决书中，若法院不采纳已质证的证据，确实需要阐明相应的法律条款和理由，这主要基于审判的公开、公正原则以及对当事人诉讼权利的保障。以下是一些相关的法律条款和解释：

1. 《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定：

   • 第六十八条：证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。对涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私的证据应当保密，需要在法庭出示的，不得在公开开庭时出示。这一条款强调了证据的质证程序，虽然未直接规定不采纳证据需阐明理由，但质证程序本身是对证据采纳与否的重要环节。
   • 第一百五十五条（虽非直接规定不采纳证据的理由，但关联审判公开原则）：判决书应当写明判决结果和作出该判决的理由。判决书内容包括：（一）案由、诉讼请求、争议的事实和理由；（二）判决认定的事实和理由、适用的法律和理由；（三）判决结果和诉讼费用的负担；（四）上诉期间和上诉的法院。判决书由审判人员、书记员署名，加盖人民法院印章。其中，“判决认定的事实和理由、适用的法律和理由”部分，就隐含了对证据采纳与否的说明义务。当法院不采纳某证据时，应在“判决认定的事实和理由”部分明确说明不采纳的原因，这通常与证据的合法性、关联性、真实性有关。

2. 审判实践中的要求：

   • 在审判实践中，法院不采纳已质证的证据，通常会在判决书中详细阐述不采纳的理由，这包括但不限于证据与案件事实无关联、证据来源不合法、证据内容不真实等。这些理由的阐述，是法院对证据进行审查判断后得出的结论，也是保障当事人诉讼权利、实现审判公正的重要体现。

3. 法律原则和精神：

   • 公正审判原则：要求法院在审判过程中保持中立，对双方当事人提供的证据进行客观、公正的审查判断。不采纳证据时阐明理由，是这一原则的具体体现。
   • 当事人诉讼权利保障原则：当事人有权了解法院对证据的采纳与否及其理由，以便在上诉或申诉时能够有针对性地提出异议。法院不采纳证据时阐明理由，是对当事人诉讼权利的尊重和保障。

若您在合同纠纷或司法行政领域遇到类似问题，比如法院在判决书中未阐明不采纳证据的理由，您可以通过以下途径维护自己的合法权益：

• 上诉：如果您认为一审判决存在错误，包括未阐明不采纳证据的理由等，您可以在法定期限内提起上诉，由上级法院对案件进行重新审理。
• 申诉：如果您认为判决存在重大错误或违法情形，您还可以向法院提出申诉，请求法院对案件进行再审。

在处理此类问题时，建议您咨询专业律师，以便更准确地理解法律条款和审判实践，更好地维护自己的合法权益。如果您有任何具体疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。