结论：公司办收费二维码代为走账的行为是否违法，需根据具体情形判断，可能涉及非法经营、逃税、洗钱等违法风险。以下从不同角度详细分析：

一、合法情形：仅作为支付通道且合规

若公司仅提供二维码作为支付通道，不参与资金归属、不截留款项、不改变资金性质，且符合以下条件，则一般不违法：

1. 真实交易背景：二维码对应的交易需有真实业务支撑（如销售商品、提供服务），且公司能提供完整合同、发票等凭证。
2. 资金流向透明：款项直接进入委托方账户，公司不经手资金或仅收取合理手续费（需明确约定并公示）。
3. 合规税务处理：若公司收取手续费，需按“金融服务”或“经纪代理服务”申报增值税及企业所得税。

示例：A公司为B商家提供二维码支付服务，B商家每笔交易支付0.5%手续费。A公司仅提供技术通道，资金直接进入B账户，且A公司按手续费收入申报纳税，此情形合法。

二、违法情形：可能涉及多项法律风险

若公司行为符合以下特征，则可能违法：

1. 非法经营罪风险：

   • 无资质经营：若公司未取得《支付业务许可证》却从事资金结算业务（如截留款项、二次清算），可能违反《非金融机构支付服务管理办法》，情节严重者构成《刑法》第225条非法经营罪。
   • 案例：某公司通过二维码为赌博网站收款，被认定为非法经营，负责人被判刑。

2. 逃税风险：

   • 隐瞒收入：若公司通过二维码走账后未申报收入，或帮助他人隐瞒收入，可能违反《税收征收管理法》，构成偷税。
   • 计算公式：
     

     
     应补税款 = 隐瞒收入 × 税率（如增值税13%、企业所得税25%）  
     罚款 = 应补税款 × 0.5倍至5倍  
     滞纳金 = 应补税款 × 0.05%/日 × 滞纳天数
     

3. 洗钱风险：

   • 资金混同：若公司明知资金来源非法（如诈骗、赌博），仍通过二维码走账“洗白”，可能违反《反洗钱法》，构成《刑法》第191条洗钱罪。
   • 案例：某公司为电信诈骗团伙提供二维码收款，被认定为洗钱共犯。

三、实务建议：规避风险的合规操作

1. 明确业务边界：
   
   • 避免经手资金，仅提供技术通道；若需代收，需与委托方签订书面协议，明确资金归属及税务责任。
2. 审核交易背景：
   
   • 对委托方业务进行尽调，拒绝为高风险行业（如赌博、色情）提供服务。
3. 完善税务合规：
   
   • 若收取手续费，需按“金融服务”6%税率申报增值税（小规模纳税人3%），并缴纳企业所得税。
4. 留存证据链：
   
   • 保存交易合同、发票、银行流水等凭证，以备税务或司法机关核查。

总结：公司通过二维码代为走账的合法性取决于具体操作模式。若仅作为技术通道且合规处理税务，风险较低；但若涉及资金截留、隐瞒收入或协助非法活动，则可能面临刑事处罚。建议公司根据业务实质评估风险，必要时咨询专业律师设计合规方案。如有进一步疑问，可直接向我提问。