结论：公司使用个体户二维码收费是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及税务合规性、资金归属及业务真实性三个方面。以下从这三个角度详细分析：
1. 税务合规性角度
- 合法情形：若公司通过个体户二维码收费是出于税务筹划目的（如利用个体户的税收优惠政策），且已依法完成税务登记、申报纳税，并确保资金流转与业务实质匹配，则可能合法。例如，公司委托个体户提供特定服务（如物流、咨询），并通过个体户账户收款，此时需确保个体户已开具合法发票，公司已将该支出计入成本并依法抵扣。
- 违法风险：若公司未与个体户建立真实业务关系，仅通过个体户二维码“走账”以逃避税务监管（如隐瞒收入、虚开发票），则可能构成偷税漏税，面临税务处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款）甚至刑事责任（《刑法》第二百零一条）。
2. 资金归属角度
- 合法情形：若收款资金实际属于个体户所有（如个体户为公司提供服务后的报酬），且公司仅作为代收方或中间方，则使用个体户二维码收费可能合法。但需注意，此时公司需与个体户签订书面协议，明确资金归属及权利义务，避免后续纠纷。
- 违法风险：若收款资金实际属于公司所有，但通过个体户二维码收款以隐瞒收入或规避监管（如逃避法院执行、洗钱），则可能构成违法行为。例如，公司被法院强制执行时，通过个体户账户收款以隐藏资产，可能涉嫌拒不执行判决、裁定罪（《刑法》第三百一十三条）。
3. 业务真实性角度
- 合法情形：若公司使用个体户二维码收费是基于真实业务需求（如个体户为公司分支机构或合作伙伴），且业务流程、合同、资金流转等均能证明业务真实性，则可能合法。例如，公司旗下个体户门店通过二维码收款，且收入已纳入公司财务报表。
- 违法风险：若公司虚构业务（如伪造合同、交易记录），通过个体户二维码收款以制造虚假业绩或骗取贷款、补贴等，则可能构成诈骗罪（《刑法》第二百六十六条）或合同诈骗罪（《刑法》第二百二十四条）。
法律建议
- 完善合规流程：若公司需通过个体户二维码收费，应确保业务真实、税务合规，并签订书面协议明确资金归属及权利义务。
- 避免“走账”行为：切勿通过个体户二维码隐瞒收入、虚开发票或逃避监管，否则可能面临严重法律后果。
- 咨询专业律师：若对具体操作存在疑问，建议直接向我咨询，我会结合公司实际情况提供针对性法律意见。
总结：公司使用个体户二维码收费的合法性取决于业务真实性、税务合规性及资金归属。建议公司严格遵守法律法规，避免因操作不当引发法律风险。如有进一步疑问，可直接向我提问。