结论前置：员工申请年休假补偿时，确实需要考虑仲裁时效的问题。一般来说，仲裁时效为一年，但具体起算点、是否受时效限制以及时效的中断与中止情况，需根据法律规定及实际情况具体分析。
一、一般仲裁时效及起算点
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。对于年休假补偿而言，如果员工在某一年度未享受年休假且未获得相应补偿，那么从该年度结束之日起，员工就应当知道自己的权利可能受到了侵害，仲裁时效也随之开始计算。
二、特殊情形下仲裁时效的适用
正常工资收入部分：在司法实践中，未休年休假工资中的正常工作期间的工资收入（即日工资收入的100%）通常被视为劳动报酬。因此，在劳动关系存续期间，这部分工资的仲裁时效可能不受一年限制。这意味着，如果公司在员工在职期间一直未支付未休年休假工资中的正常工资部分，员工可在劳动关系终止之日起一年内随时主张。
200%补偿部分：此部分（即日工资收入的额外100%）通常不被认定为劳动报酬，而是作为对用人单位未安排休假的补偿。因此，这部分应适用一年的仲裁时效，从员工知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。
三、仲裁时效的中断与中止
仲裁时效中断：在仲裁时效期间内，如果员工向公司主张权利、向有关部门请求权利救济，或者公司同意履行义务，仲裁时效会中断并重新计算。例如，员工在仲裁时效期间内向公司书面提出支付未休年休假工资的要求，仲裁时效将从公司收到书面要求时中断，并重新开始计算一年。
仲裁时效中止：如果因不可抗力或其他正当理由导致员工无法在规定的仲裁时效期间内申请仲裁，仲裁时效将中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。例如，在仲裁时效期间内发生自然灾害等不可抗力事件，导致员工无法申请仲裁，则自该不可抗力因素消除之日起，继续计算剩余的仲裁时效。
四、法律建议
及时主张权利：鉴于年休假问题的复杂性以及仲裁时效的严格规定，建议员工在发现权利被侵害后尽快采取行动，向公司主张权利或向有关部门请求权利救济，以避免因超过仲裁时效而丧失胜诉权。
保留证据：员工应保留好相关证据材料，如劳动合同、工资条、考勤记录、与公司沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益受到侵害以及主张权利的具体时间。
了解法律规定：员工应了解并熟悉相关法律法规的规定，特别是关于仲裁时效、年休假补偿等方面的规定，以便在维护自己合法权益时能够做到有理有据。
如有任何关于劳动工伤（劳动仲裁）方面的法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律解答。