结论：公积金贷款自动扣款时间迟了2小时还款是否算逾期，需分情况讨论，关键在于贷款合同约定及银行实际操作规则。具体分析如下：

1. 合同约定优先：若合同明确约定“还款日当日24:00前到账均不算逾期”
   若贷款合同中明确写明“还款日当天内完成扣款（无论具体时间）均视为按时还款”，则即使自动扣款延迟2小时，只要最终在还款日当天完成扣款，不构成逾期。此时银行或公积金中心需以合同条款为准，不得额外收取罚息或上报征信。

2. 合同未明确约定时间：需结合银行实际操作规则判断
   若合同仅约定“还款日还款”，但未明确具体扣款时间节点，则需参考银行或公积金中心的常规操作：

   • 若银行系统设定为“还款日当日定时扣款”（如上午10点、下午3点等），且延迟2小时后仍在还款日当天完成扣款，通常不算逾期，但需以银行实际扣款记录为准；
     
   • 若银行系统设定为“还款日24:00前扣款”，但因系统故障、网络延迟等原因导致扣款延迟2小时，可能仍算逾期（尤其若扣款时间跨入次日），此时可向银行提出异议，要求核实系统记录并申请撤销逾期记录。

3. 特殊情形：跨日扣款或系统故障

   • 若扣款时间因延迟跨入次日（如还款日为5日，实际扣款时间为6日凌晨2点），大概率构成逾期，银行可能收取罚息并上报征信；
     
   • 若因银行系统故障导致扣款延迟（需提供故障证明，如银行公告、系统维护通知等），可向银行申诉，要求免除逾期责任。

建议行动步骤：

1. 立即登录公积金贷款账户或银行APP，查看“还款记录”中的实际扣款时间；
   
2. 核对贷款合同中关于“还款时间”的条款，确认是否有明确约定；
   
3. 若扣款时间在还款日当天但被标记为逾期，或因系统故障导致延迟，第一时间联系银行客服或公积金中心，提供扣款记录、合同条款等证据，要求更正逾期记录；
   
4. 若银行拒绝更正，可向当地银保监会或公积金管理中心投诉，维护自身权益。

温馨提示：公积金贷款还款涉及个人征信，建议提前1-2日将还款金额存入账户，避免因系统延迟或余额不足导致逾期。如有其他疑问，欢迎随时向我咨询。