关于公积金扣款不足第二天补扣是否算逾期的问题，这主要取决于具体的地区规定以及贷款银行的操作流程。不过，以深圳市为例，我们可以得到一个相对明确的答案。

在深圳市，如果公积金贷款还款日扣款不成功，系统将会自动参与下一批次扣款，并且每日均会执行。这意味着，如果在扣款日当天由于账户余额不足导致扣款失败，那么系统会在接下来的时间内（比如第二天）再次尝试扣款。只要你在此之前补足了余额，并且确保还款账户是正常有效的，那么这次补扣就不会被视为逾期。

为了避免产生逾期不良记录，建议借款人务必按照合同约定，最迟在每期约定还款日的前一日柜面营业结束前将当期应还款项足额存入指定委托扣款账户内。这样即使扣款日当天因为某些原因扣款不成功，也有足够的时间进行补扣，从而避免逾期的风险。

当然，不同地区的具体规定可能会有所不同，因此如果你不在深圳市，或者对你的具体情况有疑问，建议最好直接咨询当地的住房公积金管理中心或者贷款银行，以获取最准确的信息。

总的来说，公积金扣款不足第二天补扣是否算逾期，主要取决于当地的规定和银行的操作流程。但无论如何，确保还款账户有充足的余额，并按时还款，都是避免逾期的最好方法。