您好，关于公积金二次补扣是否算逾期的问题，这主要取决于具体的扣款时间和合同约定。

首先，以深圳和广州的公积金管理中心为例，它们通常会在还款日的特定时间（如深圳是每日上午8点和下午14点）进行托收。如果借款人在还款日当天账户余额不足导致扣款不成功，公积金管理中心通常会自动参与下一批次的扣款，也就是我们所说的二次补扣。

关于是否算逾期：

1. 如果二次补扣在还款日当天或之前完成：并且补扣的金额覆盖了当期应还款项，那么通常不会算作逾期。因为从实际操作的角度看，借款人已经履行了还款义务，只是由于账户余额不足或系统处理时间等原因，导致扣款稍有延迟。

2. 如果二次补扣在还款日之后完成：即使最终补扣了款项，但根据公积金管理中心的规定和合同约定，这种情况可能会被视为逾期。因为借款人没有在合同约定的还款日当天或之前完成还款。

关于征信影响：

• 如果被视为逾期，公积金管理中心通常会按照人民银行的相关规定，将借款人的逾期还款记录上报至人民征信系统。这可能会对借款人的信用记录产生不良影响。

建议：

• 为了避免产生逾期记录，建议您务必按照合同约定，在每期约定还款日的前一日（或更早）将当期应还款项足额存入指定委托扣款账户内。
• 如果确实因为特殊原因导致账户余额不足，建议您尽快补足款项，并密切关注公积金管理中心的扣款情况。如果发现扣款不成功或存在其他问题，及时与公积金管理中心联系并说明情况。

特殊情况处理：

• 如果您对公积金贷款的逾期记录有异议，可以通过公积金管理中心提供的途径提出申诉。通常需要提供身份证、异议处理申请书以及相关佐证材料。公积金管理中心会在规定时间内完成审批并告知您结果。

综上所述，公积金二次补扣是否算逾期取决于具体的扣款时间和合同约定。为了避免不必要的麻烦和信用损失，建议您务必按时足额还款，并在遇到问题时及时与公积金管理中心沟通解决。