住房公积金贷款逾期两天后，系统通常仍会进行自动扣款，但具体是否扣款成功取决于账户余额及银行系统处理情况。以下从不同角度为你详细分析：

1. 合同约定角度
   根据你与住房公积金管理中心或受托银行签订的《住房公积金借款合同》，贷款还款方式一般为“委托扣款”，即银行会在每月固定还款日从你绑定的还款账户中自动划扣资金。若账户余额充足，即使逾期两天（例如因系统延迟或节假日顺延），银行通常会在后续补扣；若账户余额不足，则可能扣款失败并产生逾期记录。

2. 实际操作角度

   • 自动扣款机制：银行系统一般会在还款日当天多次尝试扣款（如早晨、中午、傍晚），若当日扣款失败，部分银行会在次日或后续几日继续补扣，但需以具体银行规则为准。
     
   • 逾期影响：即使两天后补扣成功，逾期记录仍可能被上传至征信系统（具体取决于银行上报时间），可能影响个人信用评分。

3. 建议措施

   • 立即补足余额：若发现逾期，应第一时间将足额资金存入还款账户，并联系银行确认是否会补扣。
     
   • 主动沟通：若因特殊原因（如系统故障、账户异常）导致扣款失败，可向银行或住房公积金管理中心说明情况，申请撤销逾期记录（需提供证明材料）。
     
   • 关注征信：通过中国人民银行征信中心查询个人信用报告，确认逾期记录是否已生成，若存在错误可申请异议修正。

总结：逾期两天后系统仍可能自动扣款，但需以账户余额和银行规则为准。为避免信用风险，建议保持账户余额充足，并主动与银行确认扣款状态。若有其他法律疑问（如逾期责任、征信纠纷等），可直接向我咨询。