如果公司申请行政许可的时间超过了法定受理时间，公司有权通过催告、投诉举报或提起行政诉讼等方式维护自身权益，具体取决于行政机关未受理的原因和具体情况。以下是详细分析：

1. 法定受理时间的法律依据
   根据《中华人民共和国行政许可法》第三十二条，行政机关对申请材料齐全、符合法定形式的行政许可申请，应当当场予以受理；不能当场受理的，应在5个工作日内作出受理决定（经负责人批准可延长至10日）。若申请材料存在缺陷，行政机关需一次性告知补正内容，补正后仍应按上述时限受理。
   若行政机关未在法定期限内受理且未说明理由，即构成程序违法。

2. 公司可采取的救济措施

   • 催告与沟通：
     公司可首先通过书面或口头方式催告行政机关尽快处理，并要求其出具书面受理回执或说明延迟原因。此步骤有助于固定证据，为后续维权提供依据。
     
   • 投诉与举报：
     若催告无果，公司可向行政机关的上级部门或同级政府法制机构投诉，要求其监督下级部门履行法定职责。例如，向市场监管部门的上级机关或政府督查室反映情况。
     
   • 行政复议：
     公司可在知道行政机关不作为之日起60日内向其上级机关或同级政府申请行政复议，请求确认行政机关未受理的行为违法，并责令其限期受理。
     
   • 行政诉讼：
     若复议未果或公司选择直接起诉，可在知道不作为之日起6个月内向法院提起行政诉讼，要求法院判决行政机关履行受理职责或确认其违法。
     法律依据：《行政复议法》第九条、《行政诉讼法》第四十六条。

3. 注意事项与风险提示

   • 证据固定：
     公司需保留申请材料的递交凭证（如邮寄回执、窗口签字记录）、催告记录（如邮件、短信）等，以证明行政机关未在法定期限内受理。
     
   • 程序衔接：
     若公司同时申请多项行政许可，需分别计算各申请的受理期限，避免因部分申请超期而影响整体进度。
     
   • 实质影响评估：
     若延迟受理已导致公司遭受实际损失（如错过市场机会、合同违约等），公司可在诉讼中一并主张行政赔偿，但需证明损失与行政机关不作为之间存在直接因果关系。

建议行动步骤：

1. 立即整理申请材料递交凭证及催告记录；
   
2. 根据超期时长选择复议或诉讼（优先复议，因程序更快捷）；
   
3. 若损失重大，同步准备赔偿证据（如财务报表、合同文本等）。
   

如有进一步细节需分析（如具体许可类型、超期时长等），可随时向我补充说明，我会为您定制更精准的解决方案。