合法有效的凭证，在税务领域，特别是在涉及纳税人扣除支付的分包款时，具有明确的定义和规定。根据《国家税务总局关于发布<纳税人跨县(市、区)提供建筑服务增值税征收管理暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第17号）的相关规定，我们可以详细解释合法有效凭证的具体含义：

首先，合法有效的凭证必须符合法律、行政法规以及国家税务总局的规定。这是凭证合法性的基本前提，确保凭证的开具、使用和管理都遵循了相关的法律法规。

具体来说，在纳税人扣除支付的分包款时，合法有效的凭证主要包括以下几种：

1. 从分包方取得的2016年4月30日前开具的建筑业营业税发票：

   • 这种发票在特定时间范围内（即2016年6月30日前）可以作为预缴税款的扣除凭证。它反映了在建筑业营业税制度下，分包方已经就提供的服务缴纳了相应的税款。

2. 从分包方取得的2016年5月1日后开具的，备注栏注明建筑服务发生地所在县(市、区)、项目名称的增值税发票：

   • 随着增值税制度的改革，这种发票成为了新的合法有效凭证。它不仅要求发票本身符合增值税发票的开具规范，还要求在备注栏中明确注明建筑服务的发生地和项目名称，以便税务机关进行准确的税收管理和监控。

3. 国家税务总局规定的其他凭证：

   • 这是一个兜底条款，意味着除了上述两种明确规定的凭证外，如果国家税务总局根据税收管理的需要，规定了其他可以作为合法有效凭证的票据或文件，那么这些凭证也同样具有法律效力。

综上所述，合法有效的凭证在税务领域具有明确的定义和规定，特别是在涉及纳税人扣除支付的分包款时。纳税人必须确保所取得的凭证符合法律、行政法规以及国家税务总局的规定，否则将无法享受相应的税收扣除优惠。因此，在实际操作中，纳税人应仔细核对凭证的开具时间、内容以及备注信息等，确保凭证的合法性和有效性。