结论：土地房产出资但长时间未办理产权转移登记，一般情况下不能直接确认为公司资产，但存在例外情形。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：未办理产权转移登记，土地房产不能确认为公司资产
根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规的规定，股东以土地、房产等不动产出资的，应当依法办理产权转移登记手续。这是股东履行出资义务的重要环节，也是公司取得该不动产所有权的前提。如果股东未办理产权转移登记，即使已经将土地房产交付公司使用，公司也并未取得该不动产的合法所有权，因此不能直接确认为公司资产。
法律背景：
- 《中华人民共和国公司法》第二十八条规定：“股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户；以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。”
- 《中华人民共和国物权法》（现已被《中华人民共和国民法典》物权编替代）第九条规定：“不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。”
二、例外情形：可能视为公司资产的情况
尽管一般原则下未办理产权转移登记的土地房产不能确认为公司资产，但在某些特定情形下，可能视为公司资产或股东已履行出资义务：
实际履行出资义务且公司实际使用：
- 如果股东已经将土地房产实际交付公司使用，并且公司已经以该不动产为基础开展经营活动，且股东有充分证据证明其已经履行了出资义务（如出资协议、公司章程、股东会决议等），在特定情况下，法院可能基于公平原则和实际履行情况，认定股东已经履行了出资义务，该不动产可能被视为公司资产的一部分。但这种情况需要具体案件具体分析，且存在较大的法律风险。
其他股东或公司认可：
- 如果其他股东或公司明确表示认可该股东以土地房产出资，并且未提出异议，也可能在一定程度上影响对该不动产归属的认定。但这种认可并不能直接改变不动产的物权归属，仍需通过办理产权转移登记来确认。
法律程序补救：
- 如果股东因特殊原因（如政策限制、审批流程等）暂时无法办理产权转移登记，但已经积极采取措施进行补救（如申请审批、准备相关材料等），并且在合理期限内能够完成登记手续，也可能在一定程度上减轻其未履行出资义务的责任。
三、法律建议
尽快办理产权转移登记：
- 对于已经以土地房产出资但尚未办理产权转移登记的股东，应尽快与相关部门沟通协调，办理登记手续，以确保公司取得该不动产的合法所有权。
完善出资协议和公司章程：
- 在出资协议和公司章程中明确约定股东以土地房产出资的具体条款，包括出资方式、出资时间、产权转移登记等事项，以避免未来可能出现的纠纷。
保留相关证据：
- 股东应保留好与出资相关的所有证据，如出资协议、公司章程、股东会决议、交付使用证明等，以备未来可能出现的法律纠纷之需。
咨询专业律师：
- 如果股东在出资过程中遇到任何法律问题或纠纷，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和帮助。
可能后果：如果股东未办理产权转移登记且未采取上述补救措施，可能面临被认定为未履行出资义务的风险，需要承担相应的法律责任，如向公司补足出资、向其他股东承担违约责任等。同时，公司也可能因未取得该不动产的合法所有权而面临经营风险。因此，建议股东尽快办理产权转移登记手续，以确保公司和自身的合法权益。
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