结论：汽车以租代购合同后补充签订的挂靠营运协议，在符合一定条件下，两个协议可以同案处理。
分析说明：
合同关联性：
- 如果汽车以租代购合同与挂靠营运协议在内容上存在紧密的关联，比如挂靠营运协议是基于以租代购合同而签订的，且两份合同涉及同一车辆、同一交易主体或同一交易目的，那么这两份合同在法律上可能被视为具有关联性。
- 在这种情况下，如果发生纠纷，法院或仲裁机构可能会考虑将两份合同合并审理，以便更全面地了解案件事实，公正地处理纠纷。
诉讼请求的同一性：
- 如果原告在提起诉讼时，针对两份合同提出了相同的或相互关联的诉讼请求，比如要求解除两份合同、要求赔偿因两份合同产生的损失等，那么法院或仲裁机构也可能会考虑将两份合同同案处理。
- 这样做可以避免重复审理，提高诉讼效率，减少当事人的诉讼成本。
法律程序的规定：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》等相关法律的规定，法院在审理案件时，有权根据案件的具体情况，决定是否合并审理相关联的案件。
- 如果法院认为两份合同具有关联性，且合并审理有利于查明事实、公正裁判，那么法院可以决定将两份合同同案处理。
法律建议：
- 整理证据：如果希望将两份合同同案处理，建议当事人整理好与两份合同相关的所有证据，包括合同文本、交易记录、沟通记录等，以便在诉讼中充分证明两份合同的关联性。
- 明确诉讼请求：在提起诉讼时，应明确针对两份合同提出的诉讼请求，并说明两份合同之间的关联性以及为何希望同案处理。
- 咨询专业律师：由于合同纠纷可能涉及复杂的法律问题和事实认定，建议当事人在提起诉讼前咨询专业律师，以便更好地了解自己的权利和义务，制定合理的诉讼策略。
可能后果：
- 如果法院或仲裁机构认为两份合同不具有关联性，或者合并审理不利于查明事实、公正裁判，那么可能会拒绝将两份合同同案处理，而是分别进行审理。
- 在这种情况下，当事人可能需要分别准备证据、参加庭审等，诉讼成本和时间成本可能会相应增加。
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