结论：补充协议中有违法条款，并不意味着所有的条款都是无效的。具体哪些条款无效，需根据违法条款的性质、对协议整体的影响以及相关法律法规的规定来综合判断。
详细分析：
违法条款的独立性：
- 补充协议中的违法条款通常是独立的，即它们并不必然导致整个补充协议无效。如果违法条款可以与其他合法条款相分离，且分离后不影响其他条款的效力和履行，那么只有违法条款会被认定为无效，其他合法条款仍然有效。
违法条款对整体协议的影响：
- 如果违法条款是补充协议的核心条款，或者与其他条款紧密相连，无法单独分离，且其违法性导致整个补充协议的目的无法实现或违反了法律法规的强制性规定，那么整个补充协议可能会被认定为无效。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条：“违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。” 这意味着，只有违反法律、行政法规的强制性规定的条款才会被认定为无效，而且并非所有违反强制性规定的条款都会导致整个协议无效。
- 同时，如果违法条款违背了公序良俗，如损害社会公共利益、违背道德准则等，那么该条款也将被认定为无效。
实际案例与判断：
- 在实际案例中，法院或仲裁机构会根据违法条款的具体内容、对协议整体的影响以及相关法律法规的规定来综合判断哪些条款无效。例如，如果补充协议中约定了非法交易的内容，那么该条款显然无效，但其他关于交易方式、付款时间等合法条款仍然有效。
法律建议：
- 审查协议内容：在签订补充协议前，务必仔细审查协议内容，确保所有条款都符合法律法规的规定，不损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。
- 咨询专业律师：如果对协议中的某些条款存在疑问或不确定其合法性，建议咨询专业律师进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
- 及时修改或撤销：如果发现补充协议中存在违法条款，应及时与对方协商修改或撤销该条款，以确保协议的合法性和有效性。
可能后果：
- 如果补充协议中的违法条款被认定为无效，但其他条款仍然有效，那么双方应继续履行其他合法条款。
- 如果整个补充协议被认定为无效，那么双方应恢复原状，即回到协议签订前的状态，并可能面临因协议无效而产生的其他法律后果，如赔偿损失等。
总之，补充协议中有违法条款并不意味着所有条款都无效，具体需根据违法条款的性质、对协议整体的影响以及相关法律法规的规定来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。