核心结论：招标代理倒查13年时公司股东已变更，处理方式需结合倒查事项的性质、股东变更时间及是否知情等因素综合判断，主要分为以下几种情况：

1. 若倒查事项与股东变更前的公司行为无关

• 法律逻辑：股东变更属于公司内部治理结构调整，原则上不影响公司对外承担法律责任。若倒查事项（如违规招标、串标等）发生在股东变更前，且新股东对违规行为不知情、未参与，则责任应由原股东或实际控制人承担。
• 处理建议：
  • 收集证据：整理股东变更时的股权转让协议、公司决议、财务审计报告等文件，证明新股东对违规行为无过错。
  • 配合调查：向监管部门说明股东变更情况，提供相关证据，避免被误认为“新股东继承原股东责任”。
  • 法律救济：若被错误追责，可提起行政复议或行政诉讼，主张“责任主体错误”。

2. 若倒查事项与股东变更后的公司行为有关

• 法律逻辑：若违规行为发生在股东变更后，新股东作为公司实际控制人，需承担相应责任。即使原股东存在过错，新股东也可能因“未尽到审慎义务”被连带追责。
• 处理建议：
  • 自查整改：立即停止违规行为，配合监管部门调查，主动整改并提交整改报告。
  • 责任划分：若原股东隐瞒违规事实导致新股东受损，可依据《公司法》或股权转让协议向原股东追偿。
  • 协商和解：与监管部门沟通，争取从轻处理（如罚款减免、缩短整改期限等）。

3. 若股东变更存在瑕疵（如未依法公示、虚假转让）

• 法律逻辑：若股东变更未完成工商登记或存在虚假转让（如“假变更”逃避责任），监管部门可能认定公司责任主体未实际变更，仍追究原股东责任，甚至对新股东“穿透追责”。
• 处理建议：
  • 补正手续：立即办理股东变更的工商登记，确保程序合法合规。
  • 澄清事实：提供股权转让款支付凭证、公司控制权交接证明等文件，证明变更真实性。
  • 风险隔离：若原股东已失联或无力担责，可与监管部门协商，通过公司资产清偿债务，避免新股东个人财产被牵连。

4. 特殊情形：公司已注销或吊销

• 法律逻辑：若公司因违规被吊销或注销，股东可能需承担“清算责任”或“瑕疵出资责任”。即使股东已变更，原股东若未履行清算义务，仍可能被追责。
• 处理建议：
  • 核查注销程序：确认公司注销时是否依法清算、公告，避免因程序瑕疵被追责。
  • 主张免责：若新股东已依法履行清算义务，可向监管部门提供清算报告等文件，主张免责。

总结：招标代理倒查13年时股东变更的处理，需以“行为发生时间”“股东知情程度”“变更程序合法性”为核心，通过证据固定、责任划分和主动沟通降低风险。若涉及复杂情形（如虚假变更、穿透追责），建议进一步提供具体细节，我将结合《招标投标法》《公司法》等法规为您定制解决方案。