在保理债权与基础合同的抵销权之间，并没有一个绝对的优先顺序，而是需要根据具体情况来判断。以下从几个关键角度进行分析：

1. 合同相对性原则：

   • 保理合同与基础合同是两个独立的法律关系。保理合同是保理商与债权人之间签订的，用于转让应收账款的合同；而基础合同则是债权人与债务人之间签订的，产生应收账款的原始合同。
   • 根据合同相对性原则，保理合同中的权利义务通常只约束保理商和债权人，而不直接涉及债务人。同样，基础合同中的抵销权也主要存在于债权人和债务人之间。

2. 抵销权的行使条件：

   • 抵销权通常要求双方互负债务，且债务的标的物种类、品质相同，同时债务均已到期且不存在法定或约定的禁止抵销情形。
   • 在保理业务中，如果债务人试图对基础合同中的债务行使抵销权，这通常不会直接影响保理商对受让的应收账款的权益，除非该抵销权涉及到了保理商受让的应收账款本身（例如，债务人主张基础合同中的债务与应收账款存在相互抵销的情形）。

3. 保理合同的特别约定：

   • 保理合同中可能会包含关于抵销权的特别约定。例如，合同可能规定，在保理商受让应收账款后，债务人不得再对基础合同中的债务行使抵销权，或者行使抵销权需要得到保理商的同意。
   • 如果保理合同中有此类特别约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定将具有法律效力，并可能影响抵销权的行使顺序。

4. 法律保护与优先权：

   • 在法律上，并没有明确规定保理债权与基础合同的抵销权哪个具有优先权。这通常取决于具体案件的事实情况、合同条款以及相关法律法规的适用。
   • 在实践中，如果保理商已经合法受让了应收账款，并且该应收账款不存在瑕疵或争议，那么保理商通常有权要求债务人履行付款义务，而不受债务人试图对基础合同中的债务行使抵销权的影响。然而，如果债务人能够证明其抵销权合法有效，并且符合行使条件，那么其抵销权也可能得到法律的保护。

法律建议：

• 对于保理商而言，在签订保理合同时，应明确约定关于抵销权的条款，以降低法律风险。同时，在受让应收账款前，应对基础合同进行充分的尽职调查，确保应收账款的真实性和合法性。
• 对于债务人而言，如果其意图对基础合同中的债务行使抵销权，应仔细审查保理合同中的相关条款，并咨询专业律师的意见，以确保其抵销权的合法性和有效性。

可能后果：

• 如果保理商和债务人之间就抵销权的行使产生争议，并且无法通过协商解决，那么双方可能需要通过诉讼或仲裁等法律途径来解决争议。这将可能增加双方的法律成本和时间成本。

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