在夫妻双方未登记离婚（即仍处于婚姻关系存续期间）的情况下，关于孩子抚养权的判定，确实是一个需要细致考虑的问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、法律原则基础
首先，我们要明确的是，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，父母对未成年子女负有抚养、教育和保护的义务，这一义务并不因婚姻关系的存续或解除而消除。同时，在处理涉及未成年子女的问题时，法院会始终坚持“最有利于未成年子女”的原则，确保他们的身心健康和合法权益得到最大程度的保障。
二、法院判决抚养权时考虑的因素
在未登记离婚但双方因感情不和等原因分居，且就子女抚养问题无法达成一致的情况下，法院会综合考虑以下因素来确定抚养权：
子女的年龄、性别、健康状况：
- 年幼的子女可能更需要母亲的直接抚养和照顾。
- 对于有特殊健康需求的子女，法院会考虑哪一方更能提供适宜的照顾和医疗支持。
父母的抚养能力和条件：
- 经济收入：稳定且较高的经济收入是保障子女生活和教育的重要基础。
- 居住环境：安全、稳定且适宜的居住环境对子女的成长至关重要。
- 教育程度：较高的教育程度有助于父母更好地教育和引导子女。
- 照顾子女的时间和精力：是否有足够的时间和精力来陪伴和照顾子女也是法院考虑的重要因素。
子女的意愿：
- 如果子女已满八周岁，法院会尊重其真实意愿，并将其作为确定抚养权的重要参考。
其他相关因素：
- 父母的道德品质、家庭环境、与子女的亲密关系等也会对抚养权的判决产生影响。
三、处理方式及建议
协商解决：
- 双方应首先尝试通过协商的方式解决抚养权问题，达成一致的抚养安排。这有助于减少冲突，维护子女的身心健康。
调解：
- 如果协商不成，可以寻求第三方调解机构的帮助，如社区调解委员会、婚姻家庭调解中心等。调解员会根据双方的具体情况和子女的利益，提出合理的抚养方案。
诉讼：
- 如果调解仍然无法解决争议，任何一方都有权向法院提起诉讼，请求法院判决抚养权的归属。在诉讼过程中，建议双方提供充分的证据来支持自己的主张，如经济收入证明、居住环境证明、与子女的亲密关系证明等。
四、特殊情形下的处理
- 如果双方虽然未办理离婚登记，但已经事实上分居，并且一方长期独自抚养子女，形成了较为稳定的生活和教育环境，法院在判决时可能会倾向于维持这种现状，以保护子女的稳定性和连续性。
五、后续抚养责任
- 无论抚养权最终判给哪一方，另一方仍然需要承担一定的抚养责任，如支付抚养费等。这是为了确保子女在经济上得到充分的支持。
综上所述，在未登记离婚的情况下，法院判决抚养权会综合考虑多方面因素，以确保子女的最佳利益得到保障。因此，我建议您在处理这类问题时，尽量保持冷静和理性，通过协商、调解或诉讼等合法途径来解决争议，并寻求专业律师的帮助以确保自己的权益和子女的利益得到妥善维护。