在没有结婚证的情况下，如果双方需要分开并涉及两个孩子的抚养权问题，这通常会被视为非婚生子女的抚养权纠纷。对于此类情况，抚养权的判决会综合考虑多个因素，以确保孩子的最佳利益。以下是对此问题的一些详细解答：

1. 法律原则：在非婚生子女抚养权纠纷中，法院会遵循“儿童最大利益原则”，即所有关于儿童抚养权的决定都应以儿童的最大利益为首要考虑。

2. 抚养权判决因素：

   • 孩子的年龄和性别：年幼的孩子通常更需要母亲的照顾，而年长一些的孩子可能更多地考虑其意愿和与哪一方有更紧密的联系。
   • 双方的经济条件和抚养能力：法院会评估双方的经济状况、工作稳定性、居住环境等，以确定哪一方能为孩子提供更好的生活条件。
   • 孩子的意愿：如果孩子已经达到一定年龄并具备表达能力，法院会考虑其对于抚养权的意愿。
   • 双方与孩子的关系：法院会评估双方与孩子之间的亲子关系、日常照顾情况、情感联系等。
   • 其他特殊情况：如一方有虐待、遗弃、犯罪记录等不利于孩子成长的情况，法院会予以特别考虑。

3. 抚养权的具体安排：

   • 共同抚养：在某些情况下，如果双方都能提供良好的抚养环境，并且愿意共同承担抚养责任，法院可能会判决共同抚养。
   • 单一抚养：如果一方明显更适合抚养孩子，法院可能会将抚养权判给该方，并要求另一方支付抚养费或进行定期探视。

4. 法律程序：双方可以通过协商或诉讼来解决抚养权问题。如果协商不成，可以向当地法院提起诉讼，由法院根据具体情况作出判决。

5. 建议：在处理此类问题时，建议双方保持冷静和理性，尽量通过协商来解决问题。如果协商不成，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。

总之，非婚生子女的抚养权问题是一个复杂而敏感的话题，需要综合考虑多个因素来作出决定。如果您面临此类问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和支持。