企业虚开发票、套取资金用于发放年终奖金的行为是违法的，且可能涉及多个层面的法律责任。以下从不同法律角度进行详细分析：

1. 虚开发票的违法性
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条，虚开发票包括为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票，或让他人为自己开具此类发票。企业虚开发票的行为直接违反该规定，税务机关可责令改正，并处以罚款（最高50万元）；情节严重的，可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”或“虚开发票罪”，面临刑事处罚（包括有期徒刑、罚金等）。

2. 套取资金的违法性
   套取资金通常涉及通过虚构交易、伪造凭证等手段将企业资金转移至个人账户。若资金属于公司财产，相关责任人可能构成《刑法》第二百七十一条的“职务侵占罪”（非国家工作人员利用职务便利侵占公司财物）或第二百七十二条的“挪用资金罪”（挪用公司资金归个人使用）。即使资金最终用于发放奖金，手段的非法性仍使行为具有刑事风险。

3. 发放奖金的合法性边界
   企业发放奖金需基于真实经营利润，并通过合法财务流程处理。若奖金来源为套取的资金，则属于“非法所得分配”，违反《公司法》关于公司财务制度的规定，可能面临税务稽查、行政处罚（如补缴税款、滞纳金、罚款），甚至引发股东纠纷或员工劳动争议。

4. 综合法律后果

   • 行政责任：税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处罚款；工商部门可对公司进行行政处罚。
     
   • 刑事责任：虚开发票、职务侵占、挪用资金等行为可能被追究刑事责任，直接责任人可能面临牢狱之灾。
     
   • 民事责任：若套取资金行为损害股东或债权人利益，相关责任人需承担赔偿责任。

建议：企业应严格遵守财务和税务法规，通过合法途径发放奖金（如基于真实利润的绩效考核）。若已存在此类行为，建议立即停止并咨询专业律师，评估风险并制定补救方案（如主动补缴税款、配合调查等），以最大限度降低法律后果。如有进一步疑问，可直接向我提问。