侵占他人宅基地种树属于侵权行为，被侵权人有权要求侵权人停止侵害、排除妨碍、返还财产并赔偿损失，具体处理方式需根据实际情况分情况讨论：

1. 协商解决
   双方可就侵占宅基地种树的行为进行友好协商，明确宅基地权属（需以宅基地使用权证为准），要求侵权人自行移除树木、恢复土地原状，并就可能造成的损失（如土地使用收益损失）达成赔偿协议。协商是成本最低、效率最高的解决方式，但需注意保留书面协议作为证据。

2. 行政投诉
   若协商未果，可向当地自然资源部门（原国土资源部门）或农业农村部门投诉。根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地；对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状。虽然宅基地属于建设用地，但侵占行为仍可能涉及行政处罚，部门介入可形成压力促使对方整改。

3. 民事诉讼
   若行政途径无法解决，可直接向法院提起民事诉讼，主张以下权利：

   • 返还宅基地：要求侵权人停止侵占，移除树木并返还土地；
     
   • 排除妨碍：若树木影响宅基地正常使用（如遮挡采光、阻碍通行），可要求排除妨碍；
     
   • 赔偿损失：若侵占行为导致宅基地无法正常使用（如无法建房、种植），可要求赔偿相应损失（需提供损失证据，如土地租赁收益、建房成本等）。
     证据准备：宅基地使用权证、现场照片、协商记录、损失证明等是关键证据，需提前收集。

4. 刑事责任（极端情况）
   若侵占行为涉及“数额较大”（如长期侵占、多次侵占或造成重大损失），可能触犯《刑法》第二百七十条的侵占罪（将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的）。但宅基地属于不动产，侵占罪的适用需严格符合“拒不退还”等条件，实践中较少见，更多通过民事途径解决。

建议行动步骤：

1. 确认宅基地权属（查看使用权证）；
   
2. 与对方协商，明确要求移除树木并赔偿；
   
3. 协商无果后，向自然资源部门投诉或直接起诉；
   
4. 保留所有沟通记录和证据，以备诉讼使用。
   

若涉及复杂情况（如宅基地权属争议、树木价值评估等），可进一步向我咨询具体操作细节。