在合同诈骗罪中，先期支付的款项是否扣除，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
在合同诈骗罪的司法实践中，对于先期支付的款项是否扣除，主要遵循的是“犯罪数额认定”的原则。犯罪数额通常指的是行为人通过犯罪行为实际获取的非法利益。如果先期支付的款项是行为人为了实施诈骗而预先支付的部分资金，且这部分资金在后续诈骗行为中并未被实际“返还”或“抵扣”给被害人，那么这部分款项通常不会被从犯罪数额中扣除。因为，从本质上讲，这部分款项仍然是行为人为了实施诈骗而投入的成本，其最终目的还是为了获取更大的非法利益。
二、具体情形分析
款项性质与用途：
- 如果先期支付的款项是行为人作为“定金”、“预付款”或“部分货款”等名义支付给被害人的，且这部分款项在后续诈骗行为中并未被实际用于履行合同或返还给被害人，而是被行为人非法占有或挥霍，那么这部分款项通常会被认定为犯罪数额的一部分，不会从犯罪数额中扣除。
- 如果先期支付的款项是行为人为了掩盖其诈骗行为而支付的“回扣”、“好处费”等非法费用，那么这部分款项同样会被认定为犯罪数额的一部分。
被害人实际损失：
- 在判断先期支付款项是否扣除时，还需要考虑被害人的实际损失情况。如果先期支付的款项已经部分或全部弥补了被害人的损失，那么在计算犯罪数额时，可能会根据具体情况对这部分款项进行相应扣除。但这种情况相对较少，且需要严格的证据支持。
行为人主观意图：
- 行为人的主观意图也是判断先期支付款项是否扣除的重要因素。如果行为人从一开始就具有非法占有的目的，且先期支付的款项只是其诈骗手段的一部分，那么这部分款项通常不会被扣除。
三、司法实践与案例
在司法实践中，对于合同诈骗罪中先期支付款项的扣除问题，通常需要根据具体案情和证据来进行判断。不同的案件可能有不同的处理方式和结果。例如，在某些案件中，法院可能会认为先期支付的款项是行为人为了实施诈骗而投入的成本，因此不予扣除；而在另一些案件中，法院可能会根据被害人的实际损失情况或行为人的退赔情况，对先期支付的款项进行部分或全部扣除。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 对于涉及合同诈骗罪的案件，无论是被害人还是行为人，都应该尽可能保留与案件相关的所有证据，包括合同、付款凭证、通信记录等。这些证据在后续司法程序中可能起到关键作用。
及时咨询：
- 如果你或你身边的人涉及合同诈骗罪的案件，建议及时咨询专业律师，了解相关法律规定和司法实践，以便更好地维护自己的合法权益。
谨慎交易：
- 在进行商业交易时，应该谨慎选择交易对象，了解对方的信誉和经营状况。同时，要签订规范的合同，明确双方的权利和义务，以降低交易风险。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。