核心结论：间接股东更改法人（即通过股权结构间接控制公司的股东变更其法定代表人）后，需根据具体情况处理相关法律事务，主要包括公司内部治理调整、工商登记变更、合同与债权债务承接及潜在法律风险防范四个方面。以下分情况详细说明：

1. 公司内部治理调整

• 股东会/董事会决议：若间接股东通过控股公司（如母公司）间接持有目标公司股权，其变更法定代表人需先在控股公司层面完成内部决策（如股东会决议选举新法人），再由控股公司向目标公司委派或更换董事/高管（若目标公司章程规定法人由董事/高管担任）。
• 目标公司章程修订：若目标公司章程明确法定代表人产生方式（如由董事长、执行董事或经理担任），需确保控股公司委派的人员符合章程要求，必要时修订目标公司章程并履行股东会决议程序。

2. 工商登记变更

• 控股公司登记：间接股东（即控股公司）变更法定代表人后，需在控股公司登记机关办理工商变更登记，提交新任法人身份证明、股东会决议等材料。
• 目标公司登记：若目标公司法定代表人需同步变更（如因控股公司委派人员调整），目标公司需向其登记机关提交控股公司出具的委派文件、新任法人身份证明及目标公司股东会决议等材料，完成法定代表人变更登记。

3. 合同与债权债务承接

• 对外合同效力：法定代表人变更不影响公司已签署合同的效力，但需及时通知合同相对方（如供应商、客户），避免因代表权争议引发纠纷。
• 内部责任划分：若原法定代表人在任期间存在未了结的债务或法律责任（如诉讼、担保），新任法人需与控股公司、目标公司明确责任承担主体，避免个人承担连带责任（除非存在故意或重大过失）。

4. 潜在法律风险防范

• 印章与文件交接：原法定代表人应向新任法人移交公司印章、营业执照、财务账簿等关键资料，并签署交接清单，防止资料滥用或丢失。
• 劳动人事调整：若法定代表人兼任目标公司高管，其变更可能涉及劳动合同主体变更或岗位调整，需按《劳动合同法》规定履行协商程序，避免劳动纠纷。
• 税务与合规审查：变更后需核查控股公司及目标公司的税务登记、社保缴纳等信息是否同步更新，避免因信息滞后导致行政处罚。

建议行动步骤：

1. 梳理控股公司及目标公司的股权结构、章程规定；
   
2. 召开股东会/董事会完成法定代表人选举及委派程序；
   
3. 准备工商变更登记材料并同步办理；
   
4. 通知合同相对方、更新内部管理制度；
   
5. 留存变更过程的书面证据（如决议、交接清单）。
   

如有具体操作疑问或需进一步审查文件，可直接向我咨询，我会结合您的股权结构、章程条款等细节提供针对性方案。