特殊动产抵押未登记，抵押权仍然设立，但不得对抗善意第三人。以下是对这一问题的详细分析：

一、特殊动产抵押权的设立

根据《中华人民共和国民法典》第四百零三条的规定：“以动产抵押的，抵押权自抵押合同生效时设立”。特殊动产，如船舶、航空器和机动车等，虽然具有特殊性，但本质上仍属于动产范畴。因此，当特殊动产的抵押合同生效时，抵押权即已设立，无需强制要求登记。

二、未登记抵押权的对抗效力

尽管抵押权在抵押合同生效时即已设立，但未经登记的抵押权在对外效力上存在明显限制。具体来说，未经登记的抵押权不得对抗善意第三人。这意味着，如果抵押人将已经抵押但未登记的特殊动产转让给善意第三人，且该第三人不知晓抵押情况并已支付合理价款，则抵押权人无权向该第三人主张抵押权。

三、特殊动产抵押登记的重要性

1. 增强法律效力：进行抵押登记可以显著增强抵押权的法律效力。在面对善意第三人时，已登记的抵押权具有对抗效力，能够优先保障抵押权人的权益。
2. 提供公示证据：登记还可以作为抵押权存在的证明，便于在纠纷解决过程中提供有力证据。例如，在抵押权人主张抵押权时，登记记录可以作为其享有抵押权的直接证据。
3. 维护交易秩序：通过登记，可以公示抵押权的存在，避免抵押人将同一财产重复抵押或转让给不知情的第三人，从而维护交易秩序和抵押权人的权益。

四、实际操作建议

1. 及时登记：为了确保抵押权的有效性并保护抵押权人的权益，建议在进行特殊动产抵押时及时进行登记。登记程序通常包括向登记地车辆管理所（对于机动车）或其他相关登记机构申请抵押登记，并提交必要的文件和资料。
2. 审查抵押物状态：在接受抵押时，抵押权人应仔细审查抵押物的状态，包括是否已存在其他抵押权、是否已被查封或冻结等。这有助于降低抵押风险并保障自身权益。
3. 完善抵押合同：抵押合同应明确约定抵押物的名称、数量、质量、状况、所在地、所有权归属或使用权归属等关键信息，以及抵押担保的范围、期限等条款。这有助于在纠纷发生时提供明确的法律依据。

示例说明：假设甲将一辆机动车抵押给乙作为借款的担保，但双方未办理抵押登记。后来，甲在未经乙同意的情况下将该机动车卖给了不知情的丙，并完成了交付和过户手续。在这种情况下，由于乙的抵押权未经登记，不得对抗善意第三人丙。因此，乙无权要求丙返还机动车或主张抵押权。

综上所述，特殊动产抵押未登记虽不影响抵押权的设立，但在对抗外部善意第三人方面存在明显限制。因此，在实际操作中，建议及时进行抵押登记以强化抵押权的效力并保障自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。