结论是：已经分居2年以上再写分居协议，该协议本身是有效的，但能否直接作为离婚的依据或达到其他特定法律效果，需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
分居协议本身的效力
协议内容合法性：分居协议是双方自愿就分居期间的相关事宜（如子女抚养、财产处理等）达成的协议。只要协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具有完全民事行为能力，该协议就是合法有效的。因此，即使已经分居2年以上，双方再签订分居协议，只要满足上述条件，协议本身是有效的。
协议形式要求：分居协议一般属于民事合同范畴，法律并未特别要求其必须采用书面形式以外的其他形式。但为了证明协议的存在及内容，建议采用书面形式，并由双方签字或盖章确认。这样，在后续可能出现的纠纷中，书面协议可以作为有力的证据。
分居协议与离婚的关系
分居时间与离婚：根据《民法典》的相关规定，因感情不和分居满二年，调解无效的，应当准予离婚。但这里的“分居满二年”是指持续的分居状态，且需要因感情不和导致。如果双方已经分居2年以上，但在此期间又重新共同生活，或者分居并非因感情不和导致，那么即使后来再签订分居协议，也可能无法直接作为离婚的依据。
分居协议的作用：分居协议本身并不能直接导致离婚，但它可以明确双方在分居期间的权利和义务，减少因分居而产生的纠纷。如果双方希望以分居作为离婚的条件或依据，建议在分居协议中明确约定分居的原因、期限、子女抚养、财产处理等事项，并保留好相关证据（如分居期间的居住证明、通信记录等），以便在后续离婚诉讼中证明分居的事实和原因。
实际操作建议
明确协议目的：在签订分居协议前，双方应明确协议的目的和预期效果。如果希望以分居作为离婚的条件或依据，应在协议中明确约定相关事项，并保留好相关证据。
咨询专业律师：虽然分居协议本身可能不复杂，但涉及子女抚养、财产处理等敏感问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据双方的具体情况，提供针对性的法律建议和协议条款设计，确保协议的合法性和有效性。
注意协议履行：签订分居协议后，双方应严格按照协议约定履行各自的义务。如果一方违反协议约定，另一方可以依法追究其违约责任或寻求其他法律救济途径。
如果你在分居协议或离婚方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。