耕地开垦费可以由土地使用者缴纳，但具体缴纳主体需结合实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律规定的缴纳主体
   根据《土地管理法》及《土地管理法实施条例》，非农业建设经批准占用耕地的，占用单位（即土地使用者）负有补充耕地的义务。若无法自行补充，需按规定缴纳耕地开垦费，由政府组织开垦。因此，土地使用者是法定缴纳主体之一。

2. 实际缴纳中的责任划分

   • 直接占用耕地的情况：若土地使用者直接通过出让、划拨等方式取得耕地用于非农建设（如建厂、盖房），且未自行补充耕地，则需缴纳开垦费。
     
   • 间接占用的情况：若土地使用者通过转让、租赁等方式从他人处取得已获批占用的耕地，原占用单位若已履行缴纳义务，则新使用者无需重复缴纳；但若原单位未缴纳且未补充耕地，新使用者可能需承担连带责任，具体需根据合同约定或地方政策确定。

3. 特殊情形下的缴纳主体

   • 政府主导项目：若耕地占用由政府直接批准（如基础设施、公益项目），政府可能作为责任主体，通过财政预算安排开垦费，但实践中常由项目使用单位（如国企、城投公司）代为缴纳。
     
   • 临时用地：若占用耕地为临时使用（如施工堆料），通常需缴纳土地复垦费（与耕地开垦费性质不同），但部分地区可能要求同时缴纳开垦费作为保证金，此时缴纳主体仍为土地使用者。

4. 地方政策的差异
   部分省份在《土地管理法》框架下制定了细化规则，例如：

   • 明确要求“谁占用、谁缴纳”；
     
   • 对特定行业（如房地产、采矿）设定更高费率；
     
   • 允许通过购买补充耕地指标替代直接缴费。
     建议结合用地所在地的具体政策进一步核实。

温馨提示：若您涉及耕地占用项目，需重点关注以下风险点：

• 核实用地审批文件中是否明确补充耕地方式（自行开垦或缴费）；
  
• 签订土地转让合同时，明确约定开垦费承担方；
  
• 保留缴费凭证，避免因程序瑕疵被追责。
  

如有具体案例或地方政策疑问，欢迎进一步向我咨询。