预付加班工资的计算需结合具体情形，核心结论如下：

1. 预付加班工资的合法性前提
   根据《工资支付暂行规定》第十二条，用人单位在特定情况下（如停工停产期间）可预付工资，但预付加班工资需以双方约定或规章制度明确为前提。若劳动合同或集体合同中未约定预付条款，用人单位单方预付可能被认定为无效，劳动者仍有权主张足额支付加班工资差额。

2. 计算方式：区分不同工时制度

   • 标准工时制：
     预付加班工资=月工资÷21.75÷8×加班小时数×预付比例（如50%）
     示例：若月工资8000元，周末加班10小时，预付50%时，预付金额=8000÷21.75÷8×10×50%≈230元。剩余50%需在后续工资支付周期补足。
     
   • 综合计算工时制：
     以周期内总工时为基数，超出部分按150%预付（工作日）或200%预付（休息日），法定节假日按300%预付。
     
   • 不定时工时制：
     原则上无加班工资，但法定节假日工作仍需按300%预付。

3. 预付比例的确定规则

   • 法定最低比例：无明确全国统一标准，但部分地方性法规（如《江苏省工资支付条例》）规定预付比例不得低于70%。
     
   • 约定优先原则：若劳动合同约定预付比例（如80%），则按约定执行，但不得低于地方最低标准。
     
   • 补足义务：用人单位需在后续工资支付周期内，根据实际加班情况补足差额。若实际加班少于预付计算基数，劳动者需退还多余部分（但实践中用人单位常通过扣减下月工资实现，需注意合法性）。

4. 争议解决关键点

   • 举证责任：劳动者需证明加班事实（如考勤记录、工作邮件等），用人单位需证明预付比例及补足情况。
     
   • 时效风险：加班工资主张时效为1年（劳动关系存续期间）或2年（劳动争议调解仲裁法特别规定），但预付部分若未补足，时效从补足义务产生时起算。
     
   • 违法后果：若用人单位未预付或未补足，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求经济补偿。

实务建议：

• 对劳动者：签订劳动合同时明确预付条款，保留加班证据，定期核对工资条中的加班工资项目。
  
• 对用人单位：制定合法合规的预付制度，避免“一刀切”预付导致成本失控，建议通过民主程序（如职工代表大会）确定预付比例。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区法规进一步分析。