结论概述：针对“36家公司涉及风险警示，监管部门出具警示函程序是否合法”的问题，需结合具体程序步骤、法律法规及新闻背景中的案例进行分析。总体而言，若监管部门在出具警示函时遵循了法定程序，包括立案、调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出决定并送达等，且符合相关法律法规的规定，则程序合法。以下从多个维度进行详细分析：
一、监管部门出具警示函的法定程序
立案与调查：
- 监管部门在发现公司存在违规行为或风险隐患时，通常会进行立案调查。
- 调查过程中，监管部门会收集相关证据，包括但不限于财务报告、信息披露文件、交易记录等。
告知权利与听取陈述申辩：
- 在作出警示函决定前，监管部门应告知公司其涉嫌违规的事实、理由及依据，并告知公司享有陈述申辩的权利。
- 公司有权在规定时间内提出陈述申辩，监管部门应认真听取并考虑公司的意见。
作出决定与送达：
- 监管部门在综合考虑调查结果和公司陈述申辩后，会作出是否出具警示函的决定。
- 决定作出后，监管部门应及时将警示函送达公司，并明确告知公司应采取的整改措施及期限。
二、相关法律法规依据
《证券法》：
- 该法规定了证券市场的监管原则、监管措施及法律责任等，为监管部门出具警示函提供了法律依据。
- 例如，《证券法》第一百七十条规定，国务院证券监督管理机构依法履行职责，有权采取包括出具警示函在内的多种监管措施。
《上市公司信息披露管理办法》：
- 该办法详细规定了上市公司信息披露的要求、监管措施及法律责任等。
- 若公司存在信息披露违规行为，监管部门可依据该办法出具警示函。
其他相关法规：
- 如《公司法》、《证券投资基金法》等，也可能涉及监管部门对公司违规行为的监管措施及程序。
三、新闻背景中的案例分析
旭辉集团案例：
- 旭辉集团因2023年超千万逾期债务未披露、2024年评级终止未及时公告，被上海证监局出具警示函。
- 在此案例中，若上海证监局在出具警示函前遵循了法定程序，包括立案调查、告知权利、听取陈述申辩等，则程序合法。
新里程案例：
- 新里程因子公司财务核算违规导致财报错报，被甘肃证监局出具警示函。
- 同样，若甘肃证监局在出具警示函前遵循了法定程序，则程序合法。
四、程序合法性的判断标准
程序是否完备：
- 监管部门在出具警示函时，是否遵循了所有法定程序步骤，如立案、调查、告知权利、听取陈述申辩、作出决定并送达等。
证据是否充分：
- 监管部门在作出警示函决定前，是否收集了充分的证据来支持其决定。
决定是否合理：
- 监管部门在作出警示函决定时，是否考虑了公司的实际情况、违规行为的性质及后果等因素，确保决定合理。
五、建议与启示
公司应加强合规管理：
- 公司应建立健全合规管理制度，加强内部培训，提高员工的合规意识，避免违规行为的发生。
监管部门应依法监管：
- 监管部门在出具警示函时，应严格遵循法定程序，确保程序的合法性和公正性。
投资者应理性投资：
- 投资者在投资前应充分了解公司的经营状况、合规情况等信息，理性投资，避免盲目跟风。
综上所述，监管部门出具警示函的程序是否合法，需结合具体程序步骤、法律法规及新闻背景中的案例进行分析。若监管部门在出具警示函时遵循了法定程序，且符合相关法律法规的规定，则程序合法。公司应加强合规管理，监管部门应依法监管，投资者应理性投资。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。