当您对已备案的合同存在异议时，可以按照以下步骤进行处理：

一、与合同相对方协商

首先，建议您与合同的另一方进行友好协商。通过沟通，您可以明确表达您对合同中哪些条款存在异议，并尝试就这些异议部分重新达成一致。如果双方能够达成共识，可以签订一份补充协议，对原合同的内容进行变更或补充。这种方式不仅高效，而且能够保持双方的良好合作关系。

二、查看合同仲裁条款

如果协商无果，您需要查看合同中是否包含仲裁条款。仲裁条款通常会约定在发生争议时，双方应提交给某个特定的仲裁机构进行裁决。如果合同中有仲裁条款，并且您愿意接受仲裁方式解决争议，那么您应按照条款的约定，向约定的仲裁机构申请仲裁。

三、向法院提起诉讼

如果合同中没有仲裁条款，或者您不愿意通过仲裁方式解决争议，那么您可以向有管辖权的法院提起诉讼。在提起诉讼之前，您需要准备好相关证据，包括合同文本、沟通记录、履行凭证等，以支持您的主张。法院将会对合同的效力、条款解释等进行认定和判决。

四、注意事项

在处理合同异议的过程中，有几点需要注意：

1. 及时行动：一旦发现合同问题，应尽快与对方沟通并寻求解决方案，避免问题拖延导致更大的损失。
2. 保留证据：在协商、仲裁或诉讼过程中，证据是至关重要的。因此，您应妥善保管所有与合同相关的文件、记录等。
3. 了解法律：在处理合同异议时，了解相关法律法规和合同条款是非常重要的。这有助于您更好地维护自己的权益。

总之，当您对备案合同存在异议时，应先尝试与对方协商；如果协商无果，再根据合同中的仲裁条款或向法院提起诉讼来解决问题。在整个过程中，保留好证据并了解相关法律法规是至关重要的。