银行客户经理违规贷款40万，根据不同主体和情节，处理方式如下：

1. 银行内部处理

   • 调查与追责：银行需启动内部调查程序，核实客户经理是否存在违反贷款审批流程、虚构贷款材料、收受贿赂等违规行为。若查实，银行可依据内部规章制度（如《员工违规行为处理办法》）对其采取警告、记过、降级、开除等纪律处分，并可能追缴违规所得。
     
   • 贷款风险处置：若贷款已发放，银行需评估借款人资质及还款能力。若借款人符合贷款条件，银行可能要求客户经理协助完善手续；若借款人资质造假或贷款用途违规，银行可提前收回贷款，并追究客户经理的连带责任（如赔偿损失）。
     

2. 监管部门处罚

   • 行政处罚：根据《银行业监督管理法》第四十八条，银保监会可对直接负责的客户经理给予警告、罚款（最高五十万元）、取消任职资格或禁止从事银行业工作等处罚；若银行存在管理失职，也可能被罚款（最高二百万元）。
     
   • 刑事追责：若客户经理行为涉嫌犯罪（如违法发放贷款罪、受贿罪、挪用资金罪等），银行需向公安机关报案，由司法机关立案侦查。根据《刑法》第一百八十六条，违法发放贷款数额巨大（如造成直接经济损失20万元以上）或特别巨大（50万元以上），可处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处罚金。
     

3. 借款人责任

   • 合法借款：若借款人不知情且贷款用途合法，仅需按合同约定还款，无需承担额外责任。
     
   • 恶意串通：若借款人与客户经理合谋伪造材料骗取贷款，可能构成共同犯罪（如骗取贷款罪），需承担刑事责任；同时，银行可要求其提前还款，并追究民事赔偿责任。
     

4. 民事赔偿与纠纷解决

   • 银行损失追偿：银行可要求客户经理赔偿因违规导致的直接经济损失（如贷款无法收回的部分），通过内部追责或民事诉讼实现。
     
   • 借款人维权：若借款人因客户经理违规行为遭受损失（如被诱导签订高息合同），可向银行投诉或提起民事诉讼，要求撤销合同或赔偿损失。
     

建议行动：

• 若您是银行方，需立即固定证据（如贷款资料、审批记录、沟通记录），启动内部追责并报监管部门；
  
• 若您是借款人，需核实贷款合同真实性及资金用途，若发现违规可向银行投诉或报警；
  
• 若您是客户经理本人，建议主动配合调查，积极退赔违规所得，争取从轻处理。
  

如有进一步细节（如违规手段、损失情况等），可向我补充说明，我会为您分析具体法律风险。