公司登记备案申请书一般由公司法定代表人签署，而非全体股东签字。以下是对这一问题的详细分析：
一、法定代表人签署的法律依据
根据《中华人民共和国公司法》及相关登记管理条例的规定，公司登记备案申请书是公司向登记机关提交的重要法律文件，用于申请公司的设立、变更、注销等登记事项。在这些文件中，通常要求由公司的法定代表人进行签署。法定代表人作为公司的法律代表，有权代表公司行使法律权利和履行法律义务，因此其签署的文件具有法律效力。
二、全体股东签字的情形
虽然公司登记备案申请书一般由法定代表人签署，但在某些特定情况下，也可能需要全体股东的签字或同意。这主要取决于具体的登记事项和公司的章程规定。例如：
公司章程的修改：如果公司登记备案申请书涉及公司章程的修改，而公司章程的修改需要全体股东同意（或按照章程规定的比例同意），那么在这种情况下，可能需要全体股东的签字或同意。但即便如此，最终的申请书仍应由法定代表人签署，以体现公司的正式申请。
特定登记事项的变更：对于某些特定的登记事项变更，如公司名称、经营范围、注册资本等，如果公司章程或相关法律法规规定需要全体股东同意或签字，那么在这些情况下也可能需要全体股东的参与。然而，这并不意味着全体股东需要直接在申请书上签字，而是可能通过股东会决议等形式来表达同意，并由法定代表人签署申请书。
三、实际操作中的建议
查阅公司章程：在准备公司登记备案申请书时，首先应查阅公司章程，了解对于特定登记事项变更是否需要全体股东同意或签字。
遵循法律法规：确保申请书的签署和提交符合《中华人民共和国公司法》及相关登记管理条例的规定。
咨询登记机关：如果不确定申请书的具体签署要求，可以咨询当地的登记机关或相关部门，以获取准确的指导和建议。
保留相关证据：在签署和提交申请书时，应保留好相关的证据和文件，如股东会决议、法定代表人身份证明等，以备后续需要。
四、法律后果
如果公司登记备案申请书未按照法律法规或公司章程的规定进行签署和提交，可能会导致申请被驳回或产生其他法律后果。因此，务必确保申请书的签署和提交符合相关要求。
综上所述，公司登记备案申请书一般由公司法定代表人签署。但在特定情况下，如涉及公司章程修改或特定登记事项变更时，可能需要全体股东的同意或签字（通常通过股东会决议等形式体现）。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。