关于农村危房改造鉴定的问题，这确实是一个涉及多个部门且需要细致处理的工作。首先，我要明确的是，农村危房改造鉴定的主要责任部门是住房和城乡建设部门。

住房和城乡建设部门在农村危房改造鉴定中扮演着核心角色。他们不仅负责制定和执行相关的政策法规，还直接指导和监督农村危房改造工作。具体来说，当农户提出危房改造申请时，通常会先向所在地的村委会提交申请，村委会初步审核后会上报至乡镇政府。乡镇政府则会组织专业人员或委托具备相应资质的第三方机构，如建筑工程质量检测单位，进行实地勘察和评估，以确定房屋的危险等级。这一过程中，住房和城乡建设部门会提供必要的技术支持和指导，确保鉴定的准确性和公正性。

除了住房和城乡建设部门外，乡镇政府（街道办事处）也是农村危房改造鉴定工作的重要参与者。他们负责受理和审核危房改造申请，初步调查核实申请人资格和危房情况，并组织现场勘查和鉴定。在鉴定过程中，乡镇政府会与住房和城乡建设部门紧密合作，确保鉴定工作的顺利进行。

此外，虽然自然资源部门和农业农村部门不直接参与危房鉴定，但在涉及土地规划和使用、农业生产和农村环境整治等方面，他们可能会提供必要的支持和协调。例如，如果危房需要拆除重建，可能需要自然资源部门办理相关的土地使用手续；在某些地区，农业农村部门也可能参与农村危房改造工作，特别是在涉及农村整体规划和环境整治方面。

建议流程：

1. 农户向所在地的村委会提出危房改造申请，并提交必要的材料。
2. 村委会对申请材料进行初步审核后，上报至乡镇政府。
3. 乡镇政府组织专业人员或委托第三方机构进行实地勘察和评估，确定房屋的危险等级。
4. 住房和城乡建设部门提供技术支持和指导，确保鉴定的准确性和公正性。
5. 根据鉴定结果，乡镇政府和住房和城乡建设部门共同制定改造方案，并组织实施。

在整个过程中，农户应积极配合相关部门的工作，提供真实、准确的材料和信息。同时，如果农户对鉴定结果或改造方案有异议，可以向相关部门提出申诉或咨询，以确保自身权益得到保障。