结论：摩托车驾驶者佩戴头盔且持有相关证书，车辆仍可能因其他违规行为被扣并罚款，是否罚款需视具体违规情形而定。以下分情况说明：

1. 仅因未佩戴头盔或证书不全被扣车
   若交警扣车仅因“未佩戴头盔”或“证书不全”（如未携带驾驶证、行驶证），但现场已补正（如出示电子证件或佩戴头盔），通常不会罚款，但可能被口头警告。若未补正，可能按《道路交通安全法》第90条、第95条处以20-200元罚款，并扣留车辆直至提供合法证件。

2. 存在其他违规行为
   即使佩戴头盔且证书齐全，若同时存在其他违法行为（如超速、闯红灯、无牌无证、车辆改装、酒驾等），交警会依法扣车并罚款。例如：

   • 无牌无证：按《道路交通安全法》第95条，扣车并处200-2000元罚款，可并处15日以下拘留；
     
   • 酒驾：按《道路交通安全法》第91条，扣车、罚款1000-2000元、暂扣驾照6个月，严重者吊销驾照并拘留。

3. 地方性法规的特殊规定
   部分地区可能对摩托车管理有更严格的规定（如限行区域、时段行驶），即使佩戴头盔且证书齐全，违规进入限行区域也可能被扣车并罚款。

建议：

• 驾驶摩托车时务必携带驾驶证、行驶证，佩戴安全头盔，遵守交通规则；
  
• 若车辆被扣，现场向交警确认扣车原因及处罚依据，要求出具书面处罚决定书；
  
• 对处罚有异议的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

如有具体处罚情形或地方性规定疑问，可进一步向我咨询。