针对您提出的“驾驶证上有个擅自改变机动车已登记的结构的违法怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

一、违法行为认定

擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征，是明确的违法行为。这一行为违反了《中华人民共和国道路交通安全法》第十六条第一项的规定，即任何单位或者个人不得拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征。

二、具体处罚措施

1. 责令恢复原状： 公安机关交通管理部门在查处此类违法行为时，会首先责令车主限期将车辆恢复到原登记状态。这是为了确保车辆的安全性和合法性，避免因非法改装而引发的交通事故。

2. 罚款： 根据违法行为的严重程度和地区差异，车主可能会面临一定数额的罚款。罚款金额通常较高，以起到惩戒作用。例如，在某些地区，擅自改变机动车外形和已登记的有关技术数据的，可能面临500元以下的罚款；若涉及非法改装且情节严重，罚款金额可能更高。

3. 扣留车辆： 在严重情况下，公安机关交通管理部门可能会依法扣留擅自改变机动车登记结构的车辆，直至车主完成整改并接受处理。这是为了防止非法改装车辆继续上路，对道路交通安全构成威胁。

4. 影响车辆年检和保险理赔： 非法改装还可能影响车辆的年检。在年检时，如果车辆存在擅自改变结构、构造的情况，将无法通过检验。此外，在发生交通事故时，如果车辆存在非法改装情况，保险公司可能会拒绝理赔。

三、合法改装指引

如果您因特殊需求确需改变机动车结构、构造，应当按照以下步骤进行合法改装：

1. 向车辆管理所提出变更登记申请： 在改装前，您需要向车辆登记地的车辆管理所提出变更登记申请，并提交相关证明材料。

2. 获得批准后完成改装： 在获得车辆管理所的批准后，您可以按照规定完成改装。但请注意，改装必须符合相关法律法规和安全标准。

3. 及时办理变更手续： 改装完成后，您需要及时到车辆管理所办理变更手续，更新车辆的登记信息。

四、建议与提醒

1. 遵守法律法规： 作为车主或驾驶人，您应严格遵守道路交通安全法的相关规定，不得擅自改变机动车登记结构。

2. 增强安全意识： 擅自改变机动车登记结构可能影响车辆的安全性能，增加交通事故的风险。因此，您应增强安全意识，不要为了追求个性化而忽视安全。

3. 及时咨询和处理： 如果您已经因擅自改变机动车登记结构而受到处罚，建议您及时咨询专业律师或相关机构，了解具体的处理流程和注意事项，并积极配合相关部门的工作。

综上所述，擅自改变机动车已登记的结构、构造是严重的违法行为，将面临罚款、责令恢复原状、扣留车辆等处罚，并可能影响车辆年检和保险理赔。因此，我建议您务必遵守相关规定，确保机动车的合法性和安全性。如果您有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询我。