根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关法规，驾驶擅自改变机动车已登记结构三次的，将面临行政处罚，具体处罚措施如下：

1. 罚款与责令恢复原状
   根据《道路交通安全法》第十六条及《机动车登记规定》第七十九条，擅自改变机动车已登记的结构、构造或特征（如改装发动机、加装尾翼、改变车身颜色未备案等）属于违法行为。
   

• 首次处罚：通常处警告或200元以下罚款，并责令恢复原状。
  
• 多次违法：若三次均被查获，每次违法均可能被处500元以下罚款（具体金额由地方规定），并强制要求恢复车辆原状。若未恢复，可能面临更高罚款或扣留车辆。

1. 扣分与驾驶证处理
   根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，擅自改变机动车外形或已登记技术数据的，一次记1分。
   

• 三次违法：累计记3分。若同时存在其他违法行为（如超速、闯红灯等），可能叠加记分，甚至达到12分触发满分学习或暂扣驾驶证。

1. 行政强制措施
   若车辆改装存在严重安全隐患（如改变底盘结构、制动系统等），公安机关交通管理部门可依据《道路交通安全法》第九十五条，扣留机动车至违法状态消除，并处200元以上2000元以下罚款。

2. 刑事责任风险（极端情况）
   若改装导致车辆性能严重不符合安全标准，并因此引发交通事故致人重伤、死亡或重大财产损失，可能构成《刑法》第一百三十三条规定的“交通肇事罪”或“以危险方法危害公共安全罪”，需承担刑事责任。

建议：

• 立即停止使用改装车辆，恢复原登记状态并办理变更登记（如需）。
  
• 主动配合执法部门处理，避免因抗拒执法加重处罚。
  
• 若对处罚有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。
  

温馨提示：机动车改装需严格遵守《机动车登记规定》第十六条，仅允许加装行李架、踏板等有限改装，且需在变更后10日内向车辆管理所申请变更登记。如有其他法律疑问，欢迎直接向我咨询。