双方达成和解协议后，并不意味着一定会撤诉，能否撤诉取决于案件的性质、相关法律规定以及和解协议的具体内容。以下从不同案件类型进行详细分析：

一、民事案件

在民事诉讼中，如合同纠纷、侵权纠纷等，双方当事人达成和解协议后，原告通常有权向法院申请撤诉。法院会对撤诉申请进行审查，主要确认撤诉是否出于原告自愿、是否真实且不违反法律规定，以及是否损害国家利益、社会公共利益和他人合法权益。只要满足这些条件，法院一般会裁定准许撤诉，诉讼程序随之终结。例如，在合同纠纷案件中，双方就合同履行、违约责任等达成和解后，原告可以提交撤诉申请书，法院审查后会作出准许撤诉的裁定。

二、刑事案件

刑事案件分为公诉案件和自诉案件，处理方式有所不同：

1. 自诉案件：

   • 自诉案件，如侮辱、诽谤、暴力干涉婚姻自由等，基于意思自治原则，被害人与犯罪嫌疑人达成和解协议后，被害人有权向法院申请撤诉。只要符合法律规定的撤诉条件，法院通常会准许撤案。

2. 公诉案件：

   • 公诉案件由检察机关代表国家提起诉讼，双方当事人达成和解协议并不直接导致撤案。但根据《刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，对于特定类型的公诉案件，如因民间纠纷引起的故意伤害致人轻伤等，如果犯罪嫌疑人真诚悔罪并积极赔偿被害人，双方达成和解协议，检察机关可以作出不起诉决定，这相当于实现了撤案的效果。
   • 对于其他犯罪情节较重的案件，即使达成和解，也不能直接撤案，但和解可以作为对被告人从宽处理的一个考虑因素。例如，在故意伤害罪案件中，如果犯罪嫌疑人积极赔偿被害人并取得谅解，法院在量刑时可能会考虑从宽处理。

三、行政诉讼

在行政诉讼过程中，原告同样有权在法庭作出判决宣告之前提出撤诉申请。但这一申请同样需要法院的严格审查并获得许可后才能实施。撤案并不意味着行政违法行为不存在，而是基于双方和解以及法律规定的其他因素，决定不再继续追究行政责任。例如，在行政处罚纠纷案件中，原告与被告就处罚决定达成和解后，原告可以申请撤诉。

四、注意事项

1. 和解协议的效力：

   • 双方达成的和解协议书具有法律效力，但如果存在重大误解、胁迫等情况，当事人一方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。因此，在签订和解协议时，务必确保协议内容真实、合法、有效。

2. 撤诉的法律后果：

   • 撤诉并不意味着犯罪嫌疑人或被告没有违法或犯罪，而是基于双方和解以及法律规定的其他因素，决定不再追究其法律责任。因此，撤诉后当事人仍应遵守法律规定，不得再次违法或犯罪。

3. 专业法律建议：

   • 由于撤案与否取决于案件的具体性质和法律规定，且不同地区的司法实践可能存在差异。因此，在处理此类问题时，建议你直接向我咨询，以便根据具体情况提供针对性的法律建议。

综上所述，双方达成和解协议后能否撤诉是一个复杂的问题，需要根据案件的具体情况和相关法律规定来判断。在处理此类问题时，请务必谨慎对待，并寻求专业法律帮助以确保自身权益得到妥善保护。